Из линуксфорума

В pool сами пакеты (могут быть разделены на поддиректории по желанию), в dists - метаинформация о них.
dists/ содержит директории по именам веток debian - stable, testing и проч. Нужна хотя бы одна, какая именно - не столь важно. В этих директориях есть файл Release, описывающий их содержимое - он по моему опыту необязателен. Главное его назначение, видимо - содержать md5-суммы всех файлов в директории.
main,contrib, {еще что-то} - информация соответственно об пакетах из основной части debian, пакетах сторонних разработчиков, ну и по мере надобности могут быть другие ветки - например, non-free.
В этих директориях могут быть (необязательны) директории binary-архитектура (м.б. несколько штук) и source.
dists/.../source - информация о пакетах с исходниками.
dists/.../binary-{архитектура} - описание пакетов, относящихся к данной архитектуре. В этой директории:
Packages - файл, полученный (почти) как объединение файлов control из всех пакетов, относящихся к данной части репозитария. Почти - потому что в описание каждого пакета добавлен параметр Filename с путем до файла этого пакета. Формат описывать, мне кажется, нет никакого смысла - это типичный record-jar, разделитель записей - пустая строка.
Release - файл с общей информацией о ветке репозитария.