Вагнер был сыном Фердинанда Вагнера-старшего, преподавателя рисования в коммерческой школе Пассау, которого не следует путать с швабмюнхенским художником Фердинандом Вагнером. Первое образование он получил у своего отца, затем в Мюнхене, а затем в Италии в 1867/68 году.

По возвращении в Германия он привлек внимание, расписав бывшую винную лавку Тенормайеру в Мюнхене, впоследствии он получил множество заказов в качестве художника-декоратора. Вагнер приобрел Весте Нидерхаус в 1889 году, который до сих пор использовался как казармы, но продал его художнику Эдуарду Штроблбергеру в 1907 году после разногласий с местными политиками в ходе планирования строительства моста Луитпольдбрюке. Вагнер переехал в Мюнхен, где скончался в 1927 году в возрасте 80 лет. Тело Вагнера было перевезено в Пассау и похоронено на Высоком кладбище.

Из работ Вагнера особое внимание привлекли росписи стен и потолка в Мюнхенском подвале Совета[2] и в Немецком театре, украшение столовой в замке Дракона[3]Кенигсвинтер-на-Рейне, украшение кафе Рот и Луитпольд в Мюнхене и ресторана Tivoli в Лондоне. Для этого в 1890/91 году он выполнил множество украшений для парохода " Принц Бисмарк". В Пассау он создал две государственные картины в Большом зале ратуши и расписал залы ратуши, а с 1886 по 1890 год - подвал ратуши. С 1892 года он работал над росписью Ратиборского замка недалеко от Рота с последующими заказами до 1916 года, где в 1894 году написал главную картину „Триумф Афродиты“. Другие сохранившиеся работы включают росписи фасадов ратуши Швица (1891 г.), роспись потолка в Новом Большом банкетном зале замка Бюкебург (1895 г.), украшение Большого зала Мюнхенского Хофбройхауса (1897 г.), а также изображения в башенном зале Новой ратуши Гамбурга (1899 г.).

Фердинанд Вагнер был удостоен многочисленных почестей в Пассау. Так, в 1887 году ему было присвоено почетное гражданство, в его честь были названы улица Фердинанда Вагнера и зал Фердинанда Вагнера в Ратскеллере, который он расписал.