Мама Елены Яковлевой, Валерия Павловна - сотрудница НИИ, отец - Алексей Николаевич - военнослужащий, из-за чего семье приходилось очень часто переезжать с места на место, из города в город. Как следствие, Елена Яковлева сменила много школ. Школу Елена Яковлева оканчивала в 1978 году в Харькове, где в это время служил ее отец, военный. В школе не любила точные науки. На выпускном балу ребята решили опустить в бутылку из-под шампанского записки со своими заветными желаниями: чтобы проверить когда-нибудь потом, сбылось или нет. Лена Яковлева, громыхнув деревянными сабо на высоченной платформе (тогда это было страшно модно), первой отважно просунула в узкое бутылочное горлышко бумажку: "Хочу быть знаменитой артисткой".
После школы успела поработать и библиотекарем, и картографом, но в 1980 году все-таки решила осуществить свою мечту и, приехав в Москву, с первой же попытки поступила в ГИТИС. На вступительных экзаменах читала монолог из "Воскресения": "Уехал, уехал..." В честь Семиной". В ГИТИСе (1980-1984) Елена Яковлева училась в мастерской Владимира Андреевича Андреева. Училась в ГИТИСе по-всякому, выскочила замуж за студента младшего курса. Окончив ГИТИС, Елена Яковлева стала актрисой театра "Современник" - за включение её в труппу театра члены художественного совета проголовали единогласно - это редчайший случай.
Дебютом на сцене театра стал спектакль "Двое на качелях" (1984). Спектакль был поставлен Галиной Волчек по пьесе Уильяма Гибсона. Первым партнером Елены Яковлевой в этом спектакле был Николай Попков. А в 1986 году Елене Яковлевой предложили перейти в театр им. Ермоловой. Но с 1990 года всё вернулось на круги своя - Елена Яковлева вновь в "Современнике".
Дебютом в кино стала картина Георгия Юнгвальд-Хилькевича «Двое под одним зонтом» (1983). В 1986 году выходит фильм Вадима Абдрашитова «Плюмбум, или Опасная игра», в 1987 – «Время летать» Алексея Сахарова, в 1989 – «Лестница» того же режиссера. На III Международном кинофестивале фантастических фильмов в Риме за роль в фильме «Лестница» Елена получила главный приз.
На протяжении 80-х годов Елена Яковлева много снималась - настоящим прорывом стала потрясающей силы роль Тани Зайцевой в фильме "Интердевочка" (1989), поставленном Петром Тодоровским по повести Владимира Кунина. После фильма актрису приглашал сниматься обнаженной «Плейбой», но Яковлева отказалась.
В начале 1990-х годов она снялась в таких картинах, как детектив "Черный квадрат", драмы "Воспитание жестокости у женщин и собак" и "Анкор, еще анкор!". Кстати, одна из последних работ актрисы - фильм счастливого для нее режиссера Петра Тодоровского "Такая чудная игра", а другая - главная роль в многосерийном телефильме "Петербургские тайны", поставленном Леонидом Пчелкиным и "Ретро втроем" (1998).
Запомнилась Елена Яковлева и в фильме «Шальная баба», где истово сражалась за свое счастье, доказывая, что не совсем правы те, кто считает женщин слабым полом. У героини Яковлевой в этом фильме украли ребенка, а она шла напролом в борьбе с преступниками, в результате чего добро победило зло. Казалось, что после «Интердевочки» Яковлевой вряд ли удастся сыграть что-то более резонансное. Но вмешалось телевидение.