Главное место в работе Потсдамской конференции занял германский вопрос.

Были выработаны общие принципы проведения скоординированной политики союзников в отношении Германии и механизм реализации этой политики. Лидеры СССР, США и Великобритании стремились предотвратить возможность новой агрессии со стороны Германии, утвердить мир и безопасность на Европейском континенте. Однако как показало дальнейшее развитие событий (раскол Германии и образование в 1949 году двух германских государств, холодная война), советское руководство и руководители западных стран вкладывали в эти намерения противоположное содержание.

На заданный в Потсдаме Трумэном вопрос, как же мы определим понятие «Германия», Сталин ответил так: «Я очень затрудняюсь сказать, что такое теперь Германия. Эта страна, у которой нет правительства, у которой нет определённых границ, потому что границы не оформляются нашими войсками. У Германии нет никаких войск, в том числе и пограничных, она разбита на оккупационные зоны. Вот и определите, что такое Германия. Это разбитая страна».

Принципиальные решения конференции относительно будущего этой «разбитой страны» касались сути оккупационной политики, проблем границ и репараций. Решения Потсдамской конференции (в отличие от решений, принятых в Ялте) были доведены до сведения населения Германии. В том числе — достигнутое соглашение о её сохранении и развитии как единого демократического и миролюбивого государства. Союзники провозгласили, что они «не намерены уничтожить» немецкий народ и хотят дать ему возможность «подготовиться к тому, чтобы в дальнейшем осуществить реконструкцию своей жизни на демократической и мирной основе». Подчёркивалось, что «в оккупации Германия должна рассматриваться как единое целое» и что «во всей Германии должны разрешаться и поощряться все демократические политические партии».

Документом, принятым по итогам двухнедельных дебатов, был «Протокол Берлинской конференции трёх великих держав», подписанный 1 августа 1945 года.