По-видимому, тысячи папок никак не влияют на производительность ОС. Позже авторы заметили, что подобная ошибка существует как минимум с 2019 года. У некоторых пользователей Windows 10 также появляются пустые каталоги.

https://yandex.ru/news/story/Windows_mozhet_sozdavat_tysyachi_papok_iz-zaneizvestnoj_oshibki--0b1d000b0f11aadb696c771309905b48?lang=ru&from=rss&wan=1&stid=aIzA