Цель - сравнить две имеющиеся таблицы одного типа. Обе примерно по 50 тыс.записей.

Из двух путей что выполнится быстрее?

Необходимо внести в первую таблицу из второй таблицы записи, которые отсутствуют в первой.

Есть два пути:
1. Методом сравнения (IN и подобные операторы) выявить необходимые изменения.
2. Объединить две таблицы, сгруппировать результаты и заменить первую таблицу на полученную после группировки.

http://www.sql.ru/forum/1258660/chto-luchshe-pri-sravnenii-tablic-s-kolichestvom-50-tys