location /upload {
    proxy_http_version 1.1;
    proxy_pass http://127.0.0.1:5000;
    proxy_pass_request_body off;
    proxy_set_header X-Package-Name $request_body_file;
    client_body_in_file_only on;
    client_body_temp_path /tmp/rpms;
    client_max_body_size 128m;
}

location /repo {
    alias /srv/repo/storage/;
    autoindex on;
}

#!/usr/bin/env python
import argparse
import collections
import pprint
import shutil
import subprocess
import threading
import os
import re
import yaml
from flask import Flask, request
from pyrpm import rpmdefs
from pyrpm.rpm import RPM

# Сервис для поддержания репозиториев (С) Sergey Pechenko, 2017
# Лицензия - GPL v2.0. Никаких дополнительных гарантий или прав не предоставляется. 
# Для лицензирования использования кода в коммерческом продукте свяжитесь с автором.

class LoggingMiddleware(object):
    # Вспомогательный класс для логирования запросов и отладки
    def __init__(self, app):
        self._app = app

    def __call__(self, environ, resp):
        errorlog = environ['wsgi.errors']
        pprint.pprint(('REQUEST', environ), stream=errorlog)

        def log_response(status, headers, *args):
            pprint.pprint(('RESPONSE', status, headers), stream=errorlog)
            return resp(status, headers, *args)

        return self._app(environ, log_response)

def parse_package_info(rpm):
    # Обработка метаданных пакета
    os_name_rel = rpm[rpmdefs.RPMTAG_RELEASE]
    os_data = re.search('^(\d+)\.(\w+)(\d+)$', os_name_rel)
    package = {
        'filename': "%s-%s-%s.%s.rpm" % (rpm[rpmdefs.RPMTAG_NAME],
                                         rpm[rpmdefs.RPMTAG_VERSION],
                                         rpm[rpmdefs.RPMTAG_RELEASE],
                                         rpm[rpmdefs.RPMTAG_ARCH]),
        'os_abbr': os_data.group(2),
        'os_release': os_data.group(3),
        'os_arch': rpm[rpmdefs.RPMTAG_ARCH]
    }
    return package

# Объект приложения и его настройки
app = Flask(__name__)
settings = {}

# Тестовый обработчик - пригодится в начале настройки
@app.route('/')
def hello_world():
    return 'Hello from repo!'

# Обработчик конкретного маршрута в URL
@app.route('/upload', methods=['PUT'])
def upload():
    # Ответ по умолчанию
    status = 503
    headers = []
    # Этот нестандартный заголовок мы добавили в конфигурацию Nginx ранее
    curr_package = request.headers.get('X-Package-Name')
    rpm = RPM(file(unicode(curr_package)))
    rpm_data = parse_package_info(rpm)
    try:
        new_req_queue_element = '%s/%s' % (rpm_data['os_release'], rpm_data['os_arch'])
        dest_dirname = '%s/%s/Packages' % (
            app.settings['repo']['top_dir'],
            new_req_queue_element)
        # Перемещаем файл в нужный каталог
        shutil.move(curr_package, dest_dirname)
        src_filename = '%s/%s' % (dest_dirname, os.path.basename(curr_package))
        dest_filename = '%s/%s' % (dest_dirname, rpm_data['filename'])
        # Переименовываем файл
        shutil.move(src_filename, dest_filename)
        # Готовим ответ, который получит загружавший клиент
        response = 'OK - Accessible as %s' % dest_filename
        status = 200
        if new_req_queue_element not in req_queue:
            # Кладём запрос на обработку этого пакета в очередь
            req_queue.append(new_req_queue_element)
        event_timeout.set()
        event_request.set()
    except BaseException as E:
        response = E.message
    return response, status, headers

def update_func(evt_upd, evt_exit):
    # Ждёт события, затем запускает обновление метаданных
    while not evt_exit.is_set():
        if evt_upd.wait():
            # Выбираем следующий доступный запрос из очереди
            curr_elem = req_queue.popleft()
            p = subprocess.Popen([app.settings['index_updater']['executable'],
                                  app.settings['index_updater']['cmdline'],
                                  '%s/%s' % (app.settings['repo']['top_dir'], curr_elem)],
                                 shell=False, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
            res_stdout, res_stderr = p.communicate(None)
            pprint.pprint(res_stdout)
            pprint.pprint(res_stderr)
            # Сбрасываем событие обновления
            evt_upd.clear()
    return

def update_enable_func(evt_req, evt_tmout, evt_upd, evt_exit):
    while not evt_exit.is_set():
        # Ожидаем запрос
        evt_req.wait()
        # OK, дождались
        # Теперь выдерживаем 30 секунд, а если в это время пришёл запрос....
        while evt_tmout.wait(30) and (not evt_exit.is_set()):
            evt_tmout.clear()
        if evt_exit.is_set():
            break
        evt_upd.set()
        evt_tmout.clear()
        evt_req.clear()
    return

def parse_command_line():
    # Разбор агрументов командной строки
    parser = argparse.ArgumentParser(description='This is a repository update helper')
    parser.prog_name = 'repo_helper'
    parser.add_argument('-c', '--conf', action='store', default='%.yml' % prog_name, type='file', required='false',
                        help='Name of the config file', dest='configfile')
    parser.epilog('This is an example of Nginx configuration:\
  location /repo {\
      alias /srv/repo/storage/;\
      autoindex on;\
  }\
\
  location /upload {\
      client_body_in_file_only on;\
      client_body_temp_path /tmp/rpms;\
      client_max_body_size 128m;\
      proxy_http_version 1.1;\
      proxy_pass http://localhost:5000;\
      proxy_pass_request_body off;\
      proxy_set_header X-Package-Name $request_body_file;\
  }\
')
    parser.parse_args()
    return parser

def load_config(fn):
    with open(fn, 'r') as f:
        config = yaml.safe_load(f)
    return config

def load_hardcoded_defaults():
    # Прибитые гвоздями настройки "по умолчанию"
    config = {
        'index_updater': {
            'executable': '/bin/createrepo',
            'cmdline': '--update'
        },
        'repo': {
            'top_dir': '/srv/repo/storage'
        },
        'server': {
            'address': '127.0.0.1',
            'port': '5000',
            'prefix_url': 'upload',
            'upload_header': ''
        },
        'log': {
            'name': 'syslog',
            'level': 'INFO'
        }
    }
    return config

if __name__ == '__main__':
    try:
        cli_args = parse_command_line()
        settings = load_config(cli_args['configfile'])
    except BaseException as E:
        settings = load_hardcoded_defaults()
    req_queue = collections.deque()
    # Application-level specific stuff
    # Exit flag
    exit_flag = False
    # Событие, сигналящее о пришедшем запросе
    event_request = threading.Event()
    # Событие, сигналящее об окончании задержки
    event_timeout = threading.Event()
    # Событие, сигналящее о запуске обновления метаданных
    event_update = threading.Event()
    # Событие, сигналящее о завершении вспомогательных потоков
    event_exit = threading.Event()
    # Готовим начальное состояние событий
    event_request.clear()
    event_timeout.clear()
    event_update.clear()
    # Поток, который запускает обновление метаданных репозитория
    update_thread = threading.Thread(name='update_worker', target=update_func, args=(event_update, event_exit))
    update_thread.start()
    # Поток, отсчитывающий время задержки, и начинающий отсчёт сначала, если задержка прервана
    # Если задержка прервана - начинаем отсчёт сначала
    delay_thread = threading.Thread(name='delay_worker', target=update_enable_func,
                                    args=(event_request, event_timeout, event_update, event_exit))
    delay_thread.start()
    # Его Величество Приложение
    app.wsgi_app = LoggingMiddleware(app.wsgi_app)
    app.run(host=settings['server']['address'], port=settings['server']['port'])
    # Это событие заставит оба дополнительных потока завершиться
    event_exit.clear()

appdirs==1.4.3
click==6.7
Flask==0.12.1
itsdangerous==0.24
Jinja2==2.9.6
MarkupSafe==1.0
packaging==16.8
pyparsing==2.2.0
pyrpm==0.3
PyYAML==3.12
six==1.10.0
uWSGI==2.0.15
Werkzeug==0.12.1

Ну и для тех, кому очень нужно, небольшой сниппет для укрощения SELinux:

#!/bin/bash
semanage fcontext -a -t httpd_sys_rw_content_t "/srv/repo/storage(/.*)?"
restorecon -R -v /srv/repo/storage
setsebool -P httpd_can_network_connect 1