Осложнения при применении препаратов ботулинического токсина связаны, прежде всего, с тем, что этот яд слепо поражает все мышцы, до которых может дотянуться. Таким образом, осложнения могут возникнуть при введении чрезмерной дозы препарата, или если будет случайно задета не та мышца или даже не та часть нужной мышцы. Поэтому чрезвычайно важно, чтобы инъекцию делал врач, хорошо знающий анатомию мышц лица. После неудачной инъекции, сделанной в область бровей, яд может попасть в мышцы верхнего века, что приведет к развитию птоза (опущения тканей) и глаз не будет открываться полностью. При неудачном введении токсина в область нижних век ухудшается отток лимфы, в результате чего веки начинают выглядеть припухшими и могут опуститься, приоткрыв глазное яблоко. Инъекция токсина в малые скуловые мышцы может способствовать опущению уголков рта. Так же чрезмерно расслабить мышцы рта и вызвать эффект слюнотечения можно при коррекции носогубных складок. А в случае применения в этой области чрезмерно высокой дозы токсина существует риск стойкой релаксации мышц, которые отвечают за способность говорить, улыбаться и есть.

Чтобы избежать нежелательной миграции яда в окружающие мышцы, пациенту запрещают массировать или расчесывать лицо после процедуры, наклоняться или ложиться.

Иногда, по неизвестным причинам, после инъекций ботулотоксина возникают сильные непроходящие головные боли, напоминающие мигрень.