Смотря в каких. Если речь идёт об изделиях из полимерных глин, то обычно отверстие делают перед запеканием. Если это бусины или подвески, то оставляется в изделии зубочистка, там, где планируется отверсте и запекается.
Если о каких-то готовых вещах, то есть мини-дрели и очень тонкие к ним сверла, вот ими-то очень удобно пользоватся.