За все время использования debian я заметил, что боле оптимально использовать несколько репозитариев, если переходишь от etch выше.
Работая с lenny, я обратил внимание, что он много чего тянет из etch. Работая с sid, он многое тянет из lenny. Поэтому, если вы решили остановиться на lenny, то добавьте репозитарий из etch.

Так же, при работе с пакетами не рекомендуется чередовать инсталятор apt-get и aptitude. Т.е. надо выбрать что-то одно, дабы потом не иметь проблем с зависимостями или типа того.

Я ставлю систему так: сначала etch. Потом добавляю репозитарий от lenny.
После этого делаю aptitude update а затем aptitude upgrade. В какой-то момент обновится сам aptitude и лучше будет использовать параметр aptitude safe-upgrade (по этому поводу aptitude будет выдавать сообщение. Кстати, при обновлении системы (да и в принципе в дальнейшем при других обновлениях), необходимо aptitude safe-upgrade прогнать несколько раз, потому что, как правило за 1 проход aptitude не успевает полностью проапгрейдить систему. С sid все так же.
Я использую ядреную смесь с etch+lenny+sid. Sources.list у меня выглядит так

#etch
deb http://mirror.yandex.ru/debian stable main contrib non-free
deb-src http://mirror.yandex.ru/debian stable main
#lenny
deb http://mirror.yandex.ru/debian testing main contrib non-free
deb-src http://mirror.yandex.ru/debian testing main
#multimedia etch + lenny
deb http://mirror.yandex.ru/debian-multimedia stable main
deb http://mirror.yandex.ru/debian-multimedia testing main
#security update for etch+lenny
deb http://security.debian.org stable/updates main contrib non-free
deb http://security.debian.org testing/updates main contrib non-free
deb-src http://security.debian.org/ etch/updates main contrib
deb-src http://security.debian.org/ lenny/updates main contrib
#multimedia, sid
deb http://mirror.yandex.ru/debian sid main contrib non-free
deb http://mirror.yandex.ru/debian-multimedia sid main