Для работы через прокси в консоли, можно прописать в /home/user/.bashrc
expor http_proxy="http://name:pass@proxy:port"


Только для репозиториев

Нужно выставить соответствующий параметр в конфигурационном файле apt (например, в
/etc/apt/apt.conf). Можно добавить строчку вроде:

Acquire::http::Proxy "http://nemo:nemo_pass@192.168.4.1:3128";

где 192.168.4.1 - адрес прокси-сервера.