Книги братьев имели огромный отклик среди критично мыслящей еврейской интеллигенции 1960-90 годов, а их творчество в целом стало уникальным феноменом русскоязычного еврейства второй половины ХХ века. Не имея возможность говорить о Холокосте напрямую, Стругацкие использовали литературные аллюзии. Так, в «Трудно быть быть богом» штурмовики напоминают немецких эсесовцев, а в «Попытке к бегству» появляется персонаж с еврейским именем Саул, бежавший из лагеря смерти. В 1990 году Стругацкие закончили философскую пьесу «Жиды города Питера, или невеселые беседы при свечах», вошедшую в репертуар Театра на Малой Бронной и других российских театров.

Аркадий Стругацкий умер 12 октября 1991 года от рака печени, а прах писателя был развеян над Москвой с вертолета. Борис Стругацкий пережил брата на 21 год. Он признавался, что в день смерти Аркадия потерял не только родного человека и соавтора, но и самого близкого друга, заполнявшего всю его жизнь — «Потеряв Аркадия, я ощутил себя так, как, наверное, чувствует себя здоровый человек, у которого оторвало руку или ногу. Я почувствовал себя инвалидом…»