春４月を迎え、猫実工科大学も新入生を迎える季節となった。
自動車部に所属する螢一とベルダンディーのカップルも、新入部員の勧誘に忙しい日々を送っている。
大学では、螢一の後輩だが自動車部部長の長谷川空の司会で新人勧誘セレモニーが始まっている。部室の前に勢揃いする精鋭マシン（？）たち。注目の的は、螢一とベルダンディーが操る信頼のマシン＝レーシング・ニーラー（サイドカー）だ。ニーラーから降り立ち、ヘルメットをとるベルダンディーの美しさにドッとくる学生たち。
新入部員第１号は、不思議な魅力をたたえるモルガンという美少女だ。ベルダンディーとモルガンを見て、われ先に入部申し込みの列につく学生たち。ところがその時自動車部ＯＢの田宮、大滝両先輩の雄叫び。その結果、入部者はモルガンを含めて４人のみになってしまった。
大先輩の藤見千尋になじられる両先輩だが、「でも本当に自動車部を愛してくれる人たちが、残ってくれたって事になりますよね」というベルダンディーのとりなしに事なきを得て、さっそく新人歓迎コンパが開かれることになった。

席上、酔った長谷川は螢一に妙な迫り方をし、おまけに螢一の妹、恵までがそれを煽っている。その雰囲気はカラオケを歌っているベルダンディーに伝わって、突然酒瓶やグラスが次々に破裂。訳の分からない心のたかぶりに思わず力（法術）を使ってしまったベルダンディーは、いたたまれず部室を飛び出してしまう。それを追って夜のキャンパスに出る螢一。

一方、自宅にいるウルドのもとに天上界の友人ペイオースから、月の牢獄に永遠の封印をされていたはずの男が、何者かの手引きで脱走したという知らせが入る。ベルダンディーの身を案じたウルドがキャンパスに駆けつけてみると、そこにはベルダンディーと螢一、そしてもう一人の男の影が……。

男はセレスティン。ベルダンディーを迎えに来た、彼女の天上界における恩師であると名乗る。
突然の来訪者に戸惑う螢一。セレスティンの過去を知るウルドは、激しく彼をなじる。
しかし、セレスティンは悠然としてベルダンディーを抱きすくめると、その唇に自らの唇を重ね、グッタリと力を失うベルダンディーを残して去って行ってしまう。螢一に対して「君は彼女をとても大切にしていたんだね。だけど、私はもう一度あげたいんだ。道を選ぶチャンスを、ベルダンディーに」という謎の言葉を残して。

その頃、天上界でも異変が起きつつあった。何者かが天上界を運営するシステムに侵入し、ウィルスを混入させてしまったようだ。

セレスティンの口づけによって昏睡状態に陥ったベルダンディーだが、しばらくして目を覚ます。……が、その時口にした言葉は……
「私、お助け女神事務所のベルダンディーと申します。あなたの願いをかなえにやってきました。ただし、一つだけにかぎりますけど」
ベルダンディーの蛍一に関する記憶が消されている！

天上界の異変は更に深刻の度合いを増し、ウィルスを除去するまでは天上界と地上界を繋ぐネットワークを遮断しなければならない。ベルダンディーを天上界に連れ戻して治療することが出来ないばかりか、ウルドたちは天上界の力を借りずに事態を解決させなければならないのだ。やはり犯人はセレスティン？　しかし、何が目的で？

セレスティンには野望があった。天上界と地上界の融和を阻む、神が創造したシステム。それを打ち壊そうとし、ベルダンディーに同道≠ﾟたセレスティンの意志。それによって、上位の神属であり、ベルダンディーの家庭教師まで務めた彼は、神々の怒りに触れ、天上評議会によって反乱者の烙印をおされ、月の牢獄に封じられてしまったのであった。
神々は、さらにウルドに対して、ベルダンディーのこうしたセレスティンとの記憶を封印すべく、彼女への投薬を命じた。

もうこれ以上、ベルダンディーにつらい思いをさせたくないウルドは、セレスティンに対して必死の反撃を試みる。戦いにはモルガンとスクルドも加わって、壮絶さを増してきた。さらに、「ただの人間でも、できることはきっとあるんだ」と確信する螢一まで加わり、傷ついてしまう。自分のせいで周囲に大変な苦労をかけてしまったことを悔やむベルダンディー。

「みんな、生きるため……成長するために努力しているからこそ輝き、たとえ老いてゆこうとも、その中で喜び……悲しみ、愛し合ってゆくんです。そんな輝きを地上界でたくさん見てきました」
地上界では生きとし生けるものの愛しさを十分知り尽くしたベルダンディーは、優しく気高い存在であったはずのセレスティンのあまりにも性急な考え方に、ますます混乱の度合いを深めていく。そして、モルガンの螢一にたいする仕掛けを偶然見てしまったことによる混乱が、さらに……

ベルダンディーの混乱が深まる都度に、彼女に侵入しているウィルスは更に増殖を繰り返し、このままでは暴走状態に至ってしまう！

ここにきて、ペイオースはベルダンディーに対するワクチン投与を決意する。成功する確率の極めて低い、失敗すればベルダンディーは螢一のことだけでなく、全ての記憶を失ってしまう、極めて危険なワクチンを……。

しかし、周囲の反対を押し切って、ベルダンディーはワクチンを受け入れることを決意する。たとえ成功する確率がいかに低かろうが、本当の自分を取り戻せるならば……
ベルダンディーの揺るぎない決意を理解した螢一は言い切る。
「二人の思い出がすべてなくなってしまっても……。たとえ離れ離れになってしまっても……。もう一度出会ってやり直してみせるよ……。何度でも……。何年かかっても……。」

ベルダンディへのワクチン投与の準備が始まる。ウィルス本体が発見されて、データに分解されるベルダンディーにワクチンが届く……。
と、その瞬間、更なる異変が発見された！
これまではセレスティンの野望を実現するための序章にずぎなかった！
ここにきて初めて明らかになるセレスティンの最終目的とは？
もはや力と力の対決では、為すすべもないというのか？

ベルダンディーは？　そして螢一は？
「螢一さんは言いましたよね。最後まで諦めないって」
「たとえ神を敵に回しても……俺は君を守り続けるよ！」