Да, при чём сейчас только гипотезы, почему так сделали. Вот нашла разные версии.

Учёные склоняются к гипотезе, что изображение было прижизненным, а второй зрачок из драгоценного хризолита должны были вставить на место жрецы в день смерти царицы. Это означало бы, что душа покойной покинула тело и переселилась в каменное изображение. И с этого момента изваяние становилось священным. Но, с другой стороны, предполагают далее исследователи, возможно, мастерская художника Тутмоса в эль-Амарне попросту была разграблена ещё при жизни царицы. Уничтожена противниками религиозной реформы фараона Эхнатона, супруга Нефертити.

Есть ещё одна интересная гипотеза, связанная с древнеегипетской астрономией (жрецы были величайшими звездочётами). Опуская, увы, увлекательные подробности, сообщим лишь её суть. Отсутствие зрачка в одном из глаз бюста Нефертити связано с религиозными верованиями древних фараонов в их будущее возрождение (отсюда и тщательное, для сохранения в течение тысячелетий, мумифицирование тела, в которое должна вернуться душа). Для этого после смерти фараона совершалась особая религиозная церемония. В ней важнейшая роль отводилась туннелю пирамиды, точно ориентированному туда, где в своей высшей точке подъёма на звёздном небе был «глаз» экваториального созвездия Орион (в Древнем Египте это созвездие считалось «царём звёзд») – звезда Бетельгейзе. Её регулярное умирание и возрождение (с периодичностью около 6 лет Бетельгейзе светит то ярким светом, то почти пропадает с небосклона) «зажгло» в древних египтянах и, прежде всего, фараонах, веру в собственное возрождение после смерти.

В соответствии с этим верованием предусматривалось, что когда через много тысячелетий («переводя» на наше летоисчисление, почти через 23 000 лет после Рождества Христова) положение звёзд на небе будет таким же, как и во времена фараонов, то в Великую египетскую пирамиду должны будут перенести мумию Нефертити и вставить второй глаз в пустую глазницу её бюста. И тогда душа царицы посредством луча света, но уже от ярчайшей звезды ночного неба Сириус из созвездия Большого Пса, должна будет через другой тоннель пирамиды, точно направленный на Сириус, вернуться в тело. (Древние египтяне поклонялись Сириусу, по нему высчитывали свой календарный год, время разлива Нила.)

Красивая гипотеза!.. Вот только портят всё физики. Изучив глазницу бюста уже в XXI веке, они пришли к выводу, что там никогда ничего не было и, судя по форме, возможно, и не предусматривалось.

Загадка остаётся неразгаданной.