Обращаюсь к Вам, мои читатели. Не знаю, интересуетесь Вы наукой или нет? Надеюсь, что Вас увлекает все новое и непознанное, которое требует задуматься о том, какой многообразный мир нас окружает.И я хочу иногда делиться с Вами тем, что я узнаю,что мне очень интересно.Ну разве скучно жить на свете, когда начитаешься разных научных и научно-популярных журналов, когда сам наблюдаешь этот привычный и очень необычный окружающий мир, и понимаешь, что не только ты великий романтик или фантазер. Ты понимаешь что тебя окружают тоже такие же романтики, мечтатели и в то же время трудяги- реалисты, которые двигают науку вперед.
Вот одно из сообщений науки.
В мире существуют разного вида экосистемы. Например, человек, симбиоз существа и бактерий. Есть экосистемы, насчитывающие многое количество бактерий, сосуществующих и помогающих друг другу выживать в мире. Но еще ни разу не встречались самодостаточные существа. И вот в Южной Африке на глубине 2,8 км под землей обнаружена уникальная экосистема, всё население которой представлено одним-единственным видом бактерий. Микроб, получил название Desulforudis audaxviator В переводе они означают «отважный странник» по мотивам повести Жюля Верна. Что ж, название вполне подходящее. По мнению исследователей, микроб совершил свое отважное путешествие в недра Земли и приспособился к жизни в полном одиночестве не менее 20 млн лет назад.Он живет в полном одиночестве в горячей подземной воде, насыщенной сульфатами, и сам производит все необходимые ему для жизни вещества из неорганических соединений Анализы были проведены весьма аккуратно, и результат был подтвержден несколькими независимыми методами. Пришлось констатировать неожиданный и удивительный факт: обнаружена подземная экосистема, всё население которой представлено лишь одним видом микробов. Если там и есть другие микроорганизмы, то их доля, согласно полученным результатам, не превышает 0,1% Такая независимость и самодостаточность среди живых существ встречается очень редко, а микробные сообщества, состоящие только из одного вида, ранее вообще не были известны. . До сих пор, однако, об этом микробе было известно немногое (ему даже не было присвоено имя), и только теперь появилась возможность изучить его более основательно. Дело в том, что выращивать таких микробов в лаборатории практически невозможно, и судить об их биохимии, строении и образе жизни можно только на основе анализа ДНК. Однако если в пробе присутствуют геномы многих микроорганизмов, то понять, кому из них принадлежит тот или иной обрывок ДНК, технически очень сложно.
Другое дело, если в пробе присутствует только один микроб — в этом случае современные технологии позволяют сравнительно быстро и недорого собрать из кусочков весь его геном. Именно это и проделали исследователи с уникальной бактерией. Имея в руках полную нуклеотидную последовательность генома, о микробе можно сказать очень многое.
Размер генома «Отважного странника» — 2,35 млн пар нуклеотидов. Это нормальный размер генома для свободноживущих бактерий. Геном содержит 2157 белок-кодирующих генов. Генетический полиморфизм в популяции подземных микробов оказался очень низким (из 2,35 млн нуклеотидов только 32 варьируют). Это говорит о том, что популяция недавно проходила через «бутылочное горлышко» (период очень низкой численности) или подвергалась сильному давлению отбора. Поскольку «отважный странник» в одиночку выполняет все функции, которые должны выполнять живые существа в экосистеме, авторы ожидали, что его геном должен содержать полный набор средств жизнеобеспечения в экстремальных условиях, включая биохимические механизмы для получения энергии, фиксации азота и углерода и синтеза всех необходимых веществ. Так и оказалось. В геноме D. audaxviator обнаружились следующие «рабочие инструменты»:

полный набор генов для сульфатредукции, причем некоторые из этих генов бактерия явно позаимствовала когда-то у архей — микробов, по праву считающихся лучшими экспертами по выживанию в экстремальных условиях;
набор гидрогеназ — ферментов, позволяющих утилизировать молекулярный водород (который используется многими анаэробными микробами в качестве донора электрона в окислительно-восстановительных реакциях);
набор белков-транспортеров для перекачки готовых органических соединений — сахаров и аминокислот — из внешней среды в клетку (это значит, что бактерия может вести себя не только как автотроф, то есть синтезировать органику из неорганических соединений, но и как гетеротроф, то есть питаться готовой органикой, если таковая вдруг появляется в окружающей среде. Очевидно, что там, где живет D. audaxviator, единственным источником готовой органики могут быть мертвые распадающиеся клетки тех же самых бактерий. Не такова жизнь у «отважного странника», чтобы разбрасываться столь ценными ресурсами. Кстати, по имеющимся оценкам, бактерии, обитающие в подобных условиях из-за острого дефицита ресурсов должны расти и размножаться невероятно медленно. Ученые не исключают, что между двумя клеточными делениями у таких микробов могут проходить сотни и даже тысячи лет);
белки для автотрофного метаболизма, позволяющие использовать в качестве источника углерода углекислый газ (CO2), угарный газ (CO) и формиат (HCOO–);
полный набор ферментов для синтеза всех 20 аминокислот;
гены, необходимые для формирования спор с плотной оболочкой (это, очевидно, позволяет «страннику» переживать периоды, когда условия становятся совсем уж невыносимыми);
гены, обеспечивающие образование жгутиков, при помощи которых микроб может плыть, куда пожелает;
гены различных рецепторов и систем передачи сигналов, то есть того, что заменяет микробам органы чувств и нервную систему (по-видимому, «странник» чует, где выше концентрация дефицитных веществ, и плывет туда);
белки для транспорта аммония (NH4+) из внешней среды. В исследованных пробах концентрация аммония достаточно высока, чтобы полностью обеспечить микробов азотом, но, по всей видимости, так бывает не всегда. Поэтому D. audaxviator имеет в своем арсенале еще и нитрогеназу — фермент, позволяющий осуществлять азотфиксацию, то есть превращать молекулярный азот в удобоваримые для живой клетки азотистые соединения (прежде всего — в тот же аммоний). Нитрогеназа, как и многие другие белки, была заимствована «странником» у архей путем горизонтального генетического обмена.
Ученые нашли в геноме D. audaxviator немало других генов архейного происхождения. Большинство из них связано с приспособлением к жизни в экстремальных условиях. «Странник» позаимствовал у архей также и некоторые гены для защиты от вирусов (от них, оказывается, даже под землей не спрячешься). По-видимому, ему не удалось бы стать таким независимым и самодостаточным, если бы он предварительно не пообщался очень тесно с другими микробами и не одолжил бы у них кое-какие полезные гены.

Насколько можно судить по геному, «странник» вполне может жить при температурах более высоких, чем те, в которых его обнаружили.

А вот чего у «странника» нет совсем, даже в рудиментарном виде, так это белков, позволяющих утилизировать кислород или хотя бы защищаться от его токсичного действия. Это значит, что с кислородом «страннику» не приходилось иметь дела уже очень давно.

Так устроена подземная экосистема с единственным живым участником — бактерией Desulforudis audaxviator. Сама бактерия вместе со своим обменом веществ изображена в верхней части схемы в виде большого овала. Видно, что важную роль в функционировании экосистемы играет радиоактивный распад урана (показан «молниями»). Рис. из обсуждаемой статьи в Science

Главный теоретический вывод, сделанный авторами из изучения «отважного странника», состоит в том, что вся биологическая составляющая простой экосистемы, как выяснилось, может быть закодирована в одном-единственном геноме.
Источник: Chivian D. et al. Environmental Genomics Reveals a Single-Species Ecosystem Deep Within Earth // Science. 2008. V. 322. P. 275–278.

Известия подобраны на основании статьи Александра Маркова