На самом деле, думаю, что дело было так, вначале и греки и латыняне знаменовались двуперстно, потом латыняне в двуперстие стали вкладывать смысл, что знаменуют в честь Троицы:

У Льва IV, папы Римского, есть такое наставление касательно благословения св. даров: «чашу и хлеб знаменуйте правильным крестом, т. е. не вокруг и кое-как перстами, как делают многие, но, разогнув два пальца и большой внутрь сложивши, через которые означается Троица, правильно старайтесь изображать сие знамение, ибо не иначе можете благословлять что-либо».

Со временем большой палец стали отгибать, чтоб нагляднее обозначить Троицу.

А у папа Иннокентий ІІІ (1160/1161—1216; папа с 1198 г.), читаем уже следующее:

«Креститься следует тремя перстами, ибо это делается с призыванием Троицы, о которой пророк говорит: “Кто держит тягу земную тремя перстами?” [Ис. XL, 12]24. Надлежит совершать движение сверху вниз и справа налево, ибо Христос сошел с неба на землю и пришел от иудеев к язычникам. Некоторые, однако, крестятся слева направо, ибо мы должны перейти от нищеты к славе, подобно тому как Христос перешел от смерти к жизни и из ада в рай [ср.: Еф. ІV, 8—10], — но в первую очередь [они поступают так] для того, чтобы крестить себя и других одним и тем же образом: ведь получается, что когда мы осеняем крестом других, мы чертим крест слева направо. Однако по внимательном раз мышлени ясно , что на самом деле мы чертим крест так же и на других справа на лево , ибо когда мы их крестим , они обращены к нам не спиной, но лицом» («De sacro altaris misterio», II,45)

Видимо новогреческий обычай знаменования тремя перстами пошел именно с такого латынского представления о знаменовании во имя Троицы.

Ну и опубликовали такое мнение о перстосложении впервые в 1528 книгу Дамаскина Студита "Сокровище". Книга вышла в Венеции, и как все, что тогда там издавалось прошла проверку и одобрение у инквизиции, что она вполне вполне соответствует латинянскому вероучению.