Случайны выбор дневника Раскрыть/свернуть полный список возможностей


Найдено 391 сообщений
Cообщения с меткой

геном - Самое интересное в блогах

Следующие 30  »
rss_rss_hh_new

Просто о сложном: что нужно знать о биоинформатике

Среда, 13 Сентября 2017 г. 19:27 (ссылка)






AliceMir


вчера в 19:27

Разработка





Просто о сложном: что нужно знать о биоинформатике










    Если спросить случайного прохожего, что такое биология, он наверняка ответит что-то вроде «наука о живой природе». Про информатику скажет, что она имеет дело с компьютерами и информацией.  Если мы не побоимся быть навязчивыми и зададим ему третий вопрос – что такое биоинформатика? – тут-то он наверняка и растеряется. Логично: про эту область знаний даже в ЕРАМ знает далеко не каждый – хотя в нашей компании и биоинформатики есть. Давайте разбираться, для чего эта наука нужна человечеству вообще и ЕРАМ в частности: в конце концов, вдруг нас на улице об этом спросят.





    Почему биология перестала справляться без информатики и при чем тут рак





    Чтобы провести исследование, биологам уже недостаточно взять анализы и посмотреть в микроскоп. Современная биология имеет дело с колоссальными объемами данных.  Часто обработать их вручную просто невозможно, поэтому многие биологические задачи решаются вычислительными методами. Не будем далеко ходить: молекула ДНК настолько мала, что разглядеть ее под световым микроскопом нельзя. А если и можно (под электронным), всё равно визуальное изучение не помогает решить многих задач.



    ДНК человека состоит из трех миллиардов нуклеотидов – чтобы вручную проанализировать их все и найти нужный участок, не хватит и целой жизни. Ну, может и хватит – одной жизни на анализ одной молекулы – но это слишком долго, дорого и малопродуктивно, так что геном анализируют при помощи компьютеров и вычислений.



    Биоинформатика — это и есть весь набор компьютерных методов для анализа биологических данных: прочитанных структур ДНК и белков, микрофотографий, сигналов, баз данных с результатами экспериментов и т. д.







    Иногда секвенировать ДНК нужно, чтобы подобрать правильное лечение. Одно и то же заболевание, вызванное разными наследственными нарушениями или воздействием среды, нужно лечить по-разному. А еще в геноме есть участки, которые не связаны с развитием болезни, но, например, отвечают за реакцию на определенные виды терапии и лекарств. Поэтому разные люди с одним и тем же заболеванием могут по-разному реагировать на одинаковое лечение.



    Еще биоинформатика нужна, чтобы разрабатывать новые лекарства. Их молекулы должны иметь определенную структуру и связываться с определенным белком или участком ДНК. Смоделировать структуру такой молекулы помогают вычислительные методы.



    Достижения биоинформатики широко применяют в медицине, в первую очередь в терапии рака. В ДНК зашифрована информация о предрасположенности и к другим заболеваниям, но над лечением рака работают больше всего. Это направление считается самым перспективным, финансово привлекательным, важным – и самым сложным.



    Биоинформатика в ЕРАМ





    В ЕРАМ биоинформатикой занимается подразделение Life Sciences. Там разрабатывают программное обеспечение для фармкомпаний, биологических и биотехнологических лабораторий всех масштабов — от стартапов до ведущих мировых компаний. Справиться с такой задачей могут только люди, которые разбираются в биологии, умеют составлять алгоритмы и программировать.



    Биоинформатики – гибридные специалисты. Сложно сказать, какое знание для них первично: биология или информатика. Если так ставить вопрос, им нужно знать и то и другое. В первую очередь важны, пожалуй, аналитический склад ума и готовность много учиться. В ЕРАМ есть и биологи, которые доучились информатике, и программисты с математиками, которые дополнительно изучали биологию.



    Как становятся биоинформатиками





    Мария Зуева, разработчик:



    «Я получила стандартное ИТ-образование, потом училась на курсах ЕРАМ Java Lab, где увлеклась машинным обучением и Data Science. Когда я выпускалась из лаборатории, мне сказали: «Сходи в Life Sciences, там занимаются биоинформатикой и как раз набирают людей». Не лукавлю: тогда я услышала слово «биоинформатика» в первый раз. Прочитала про нее на Википедии и пошла.



    Тогда в подразделение набрали целую группу новичков, и мы вместе изучали биоинформатику. Начали с повторения школьной программы про ДНК и РНК, затем подробно разбирали существующие в биоинформатике задачи, подходы к их решению и алгоритмы, учились работать со специализированным софтом».




    Геннадий Захаров, бизнес-аналитик:



    «По образованию я биофизик, в 2012-м защитил кандидатскую по генетике. Какое-то время работал в науке, занимался исследованиями – и продолжаю до сих пор. Когда появилась возможность применить научные знания в производстве, я тут же за нее ухватился.



    Для бизнес-аналитика у меня весьма специфическая работа. Например, финансовые вопросы проходят мимо меня, я скорее эксперт по предметной области. Я должен понять, чего от нас хотят заказчики, разобраться в проблеме и составить высокоуровневую документацию – задание для программистов, иногда сделать работающий прототип программы. По ходу проекта я поддерживаю контакт с разработчиками и заказчиками, чтобы те и другие были уверены: команда делает то, что от нее требуется. Фактически я переводчик с языка заказчиков – биологов и биоинформатиков – на язык разработчиков и обратно».




    Как читают геном





    Чтобы понять суть биоинформатических проектов ЕРАМ, сначала нужно разобраться, как секвенируют геном. Дело в том, что проекты, о которых мы будем говорить, напрямую связаны с чтением генома. Обратимся за объяснением к биоинформатикам.



    Михаил Альперович, глава юнита биоинформатики:



    «Представьте, что у вас есть десять тысяч экземпляров «Войны и мира». Вы пропустили их через шредер, хорошенько перемешали, наугад вытащили из этой кучи ворох бумажных полосок и пытаетесь собрать из них исходный текст. Вдобавок у вас есть рукопись «Войны и мира». Текст, который вы соберете, нужно будет сравнить с ней, чтобы отловить опечатки (а они обязательно будут). Примерно так же читают ДНК современные машины-секвенаторы. ДНК выделяют из клеточных ядер и делят на фрагменты по 300–500 пар нуклеотидов (мы помним, что в ДНК нуклеотиды связаны друг с другом попарно). Молекулы дробят, потому что ни одна современная машина не может прочитать геном от начала до конца. Последовательность слишком длинная, и по мере ее прочтения накапливаются ошибки.



    Вспоминаем «Войну и мир» после шредера. Чтобы восстановить исходный текст романа, нам нужно прочитать и расположить в правильном порядке все кусочки романа. Получается, что мы читаем книгу несколько раз по крошечным фрагментам. То же с ДНК: каждый участок последовательности секвенатор прочитывает с многократным перекрытием – ведь мы анализируем не одну, а множество молекул ДНК.



    Полученные фрагменты выравнивают – «прикладывают» каждый из них к эталонному геному и пытаются понять, какому участку эталона соответствует прочитанный фрагмент. Затем в выравненных фрагментах находят вариации – значащие отличия прочтений от эталонного генома (опечатки в книге по сравнению с эталонной рукописью). Этим занимаются программы – вариант-коллеры (от англ. variant caller – выявитель мутаций). Это самая сложная часть анализа, поэтому различных программ – вариант-коллеров много и их постоянно совершенствуют и разрабатывают новые.



    Подавляющее большинство найденных мутаций нейтральны и ни на что не влияют. Но есть и такие, в которых зашифрованы предрасположенность к наследственным заболеваниям или способность откликаться на разные виды терапии».








    Для анализа берут образец, в котором находится много клеток — а значит, и копий полного набора ДНК клетки. Каждый маленький фрагмент ДНК прочитывают несколько раз, чтобы минимизировать вероятность ошибки. Если пропустить хотя бы одну значащую мутацию, можно поставить пациенту неверный диагноз или назначить неподходящее лечение. Прочитать каждый фрагмент ДНК по одному разу слишком мало: единственное прочтение может быть неправильным, и мы об этом не узнаем. Если мы прочитаем тот же фрагмент дважды и получим один верный и один неверный результат, нам будет сложно понять, какое из прочтений правдивое. А если у нас сто прочтений и в 95 из них мы видим один и тот же результат, мы понимаем, что он и есть верный.



    Геннадий Захаров:



    «Для анализа раковых заболеваний секвенировать нужно и здоровую, и больную клетку. Рак появляется в результате мутаций, которые клетка накапливает в течение своей жизни. Если в клетке испортились механизмы, отвечающие за ее рост и деление, то клетка начинает неограниченно делиться вне зависимости от потребностей организма, т. е. становится раковой опухолью. Чтобы понять, чем именно вызван рак, у пациента берут образец здоровой ткани и раковой опухоли. Оба образца секвенируют, сопоставляют результаты и находят, чем один отличается от другого: какой молекулярный механизм сломался в раковой клетке. Исходя из этого подбирают лекарство, которое эффективно против клеток с “поломкой”».



    Биоинформатика: производство и опенсорс





    У подразделения биоинформатики в ЕРАМ есть и производственные, и опенсорс-проекты. Причем часть производственного проекта может перерасти в опенсорс, а опенсорсный проект – стать частью производства (например, когда продукт ЕРАМ с открытым кодом нужно интегрировать в инфраструктуру клиента).



    Проект №1: вариант-коллер





    Для одного из клиентов – крупной фармацевтической компании – ЕРАМ модернизировал программу вариант-коллер. Ее особенность в том, что она способна находить мутации, недоступные другим аналогичным программам. Изначально программа была написана на языке Perl и обладала сложной логикой. В ЕРАМ программу переписали на Java и оптимизировали – теперь она работает в 20, если не в 30 раз быстрее.



    Исходный код программы доступен на GitHub.



    Проект №2: 3D-просмотрщик молекул





    Для визуализации структуры молекул в 3D есть много десктоп- и веб-приложений. Представлять, как молекула выглядит в пространстве, крайне важно, например, для разработки лекарств. Предположим, нам нужно синтезировать лекарство, обладающее направленным действием. Сначала нам потребуется спроектировать молекулу этого лекарства и убедиться, что она будет взаимодействовать с нужными белками именно так, как нужно. В жизни молекулы трехмерные, поэтому анализируют их тоже в виде трехмерных структур.



    Для 3D-просмотра молекул ЕРАМ сделал онлайн-инструмент, который изначально работал только в окне браузера. Потом на основании этого инструмента разработали версию, которая позволяет визуализировать молекулы в очках виртуальной реальности HTC Vive. К очкам прилагаются контроллеры, которыми молекулу можно поворачивать, перемещать, подставлять к другой молекуле, поворачивать отдельные части молекулы. Делать всё это в 3D куда удобнее, чем на плоском мониторе. Эту часть проекта биоинформатики ЕРАМ делали совместно с подразделением Virtual Reality, Augmented Reality and Game Experience Delivery.



    Программа только готовится к публикации на GitHub, зато пока есть ссылка, по которой можно посмотреть ее демо-версию.



    Как выглядит работа с приложением, можно узнать из видео.



    Проект №3: геномный браузер NGB





    Геномный браузер визуализирует отдельные прочтения ДНК, вариации и другую информацию, сгенерированную утилитами для анализа генома. Когда прочтения сопоставлены с эталонным геномом и мутации найдены, ученому остается проконтролировать, правильно ли сработали машины и алгоритмы. От того, насколько точно выявлены мутации в геноме, зависит, какой диагноз поставят пациенту или какое лечение ему назначат. Поэтому в клинической диагностике контролировать работу машин должен ученый, а помогает ему в этом геномный браузер.



    Биоинформатикам-разработчикам геномный браузер помогает анализировать сложные случаи, чтобы найти ошибки в работе алгоритмов и понять, как их можно улучшить.



    Новый геномный браузер NGB (New Genome Browser) от ЕРАМ работает в вебе, но по скорости и функционалу не уступает десктопным аналогам. Это продукт, которого не хватало на рынке: предыдущие онлайновые инструменты работали медленнее и умели делать меньше, чем десктопные. Сейчас многие клиенты выбирают веб-приложения из соображений безопасности. Онлайн-инструмент позволяет ничего не устанавливать на рабочий компьютер ученого. С ним можно работать из любой точки мира, зайдя на корпоративный портал. Ученому не обязательно всюду возить за собой рабочий компьютер и скачивать на него все необходимые данные, которых может быть очень много.







    Геннадий Захаров, бизнес-аналитик:



    «Над опенсорсными утилитами я работал частично как заказчик: ставил задачу. Я изучал лучшие решения на рынке, анализировал их преимущества и недостатки, искал, как можно их усовершенствовать. Нам нужно было сделать веб-решения не хуже десктопных аналогов и при этом добавить в них что-то уникальное.



    В 3D-просмотрщике молекул это была работа с виртуальной реальностью, а в геномном браузере – улучшенная работа с вариациями. Мутации бывают сложными. Перестройки в раковых клетках иногда затрагивают огромные области. В них появляются лишние хромосомы, куски хромосом и целые хромосомы исчезают или объединяются в случайном порядке. Отдельные куски генома могут копироваться по 10–20 раз. Такие данные, во-первых, сложнее получить из прочтений, а во-вторых, сложнее визуализировать.



    Мы разработали визуализатор, который правильно читает информацию о таких протяженных структурных перестройках. Еще мы сделали набор визуализаций, который при контакте хромосом показывает, образовались ли из-за этого контакта гибридные белки. Если протяженная вариация затрагивает несколько белков, мы по клику можем рассчитать и показать, что происходит в результате такой вариации, какие гибридные белки получаются. В других визуализаторах ученым приходилось отслеживать эту информацию вручную, а в NGB – в один клик».




    Как изучать биоинформатику





    Мы уже говорили, что биоинформатики – гибридные специалисты, которые должны знать и биологию, и информатику. Самообразование играет в этом не последнюю роль. Конечно, в ЕРАМ есть вводный курс в биоинформатику, но рассчитан он на сотрудников, которым эти знания пригодятся на проекте. Занятия проводятся только в Санкт-Петербурге, а общедоступных курсов на University и Learn пока нет. И всё же, если биоинформатика вам интересна, возможность учиться есть:



    1) Вводный курс в генетическую диагностику от компании 23andme.

    2) Несколько курсов на Coursera (в том числе пара курсов на русском: введение в биоинформатику и в метагеномику).

    3) Курсы на Stepik от института биоинформатики: молекулярная биология и генетика, молекулярная филогенетика, генная инженерия и введение в технологии высокоэффективного секвенирования. Полный список курсов от института можно посмотреть на его официальном сайте.

    4) Лекции Павла Певзнера – профессора Калифорнийского университета в Сан-Диего, специалиста в области биоинформатики.

    5) Если вы живете в Санкт-Петербурге, можно прийти на гостевые лекции в институт биоинформатики – это бесплатно.


    Original source: habrahabr.ru (comments, light).

    https://habrahabr.ru/post/337892/

    Метки:   Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    Сергей_Удачин

    Дизайнерские младенцы

    Воскресенье, 30 Июля 2017 г. 14:14 (ссылка)


    Источник

    гены (652x400, 137Kb)
    Читать далее...
    Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    rss_rss_hh_new

    Технологии больших данных в работе с бактериями микробиоты. Лекция в Яндексе

    Воскресенье, 18 Июня 2017 г. 21:50 (ссылка)

    Мы часто говорим о задачах, которые лежат на стыке той или иной классической науки и анализа данных. В сегодняшнем докладе эта идеология представлена воочию — большую часть доклада читает учёный, а о конкретных методах и инструментах рассказывает программист.







    Под катом — расшифровка и основная часть слайдов.






    Дмитрий Алексеев, директор по R&D биомедицинского холдинга «Атлас»:

    — Вообще-то я микроб. Такое необычно слышать, ведь ты привык, что тебе люди что-то рассказывают. А я микроб. Нас много живет. И в тебе тоже.



    Цифра такая примерная — 100 трлн на каждого. Можешь умножить на количество посетителей. Столько нас сегодня здесь. Я пришел кое-то важное тебе рассказать про нас, микробов, потому что в последнее время ты не очень обращаешь на это внимание, и ни к чему хорошему это не приведет. Важно, чтобы у тебя в голове остались две вещи, когда я закончу: что, во-первых, я хороший, а во-вторых, что данные, доступные тебе прямо сейчас из твоего ноутбука, могут рассказать еще больше про то, какие мы интересные.



    Когда нас, микробов, много, нас называют микробиотой. И сейчас в вашей человеческой медицине есть большая надежда, что в ближайшем будущем вы опять сможете шалить, пить, курить и неправильно питаться, а мы, микробы, вас обратно спасем. И в целом это называется сейчас тераностика — когда мы диагностируем, что у тебя болит, и вылечим это тоже. Мы, микробы, вообще можем все. И понятно, что мы на этой планете гораздо дольше живем, чем ты. С самого того момента, как ты появился, еще будучи маленьким червячком, мы уже тебя заселили. И важно понимать, что все твои органы, особенно кишечник, про который мы будем говорить, — они развивались вместе с моими предками, хотя, по правде, у меня как у микроба нет предков. Мы делимся пополам. Чуть позже ты увидишь этот прекрасный процесс.



    Если бы ты хотел узнать, стоит ли заниматься микробами, и в 2014 году залез в базу данных публикаций — это такая логарифмическая шкала — ты бы увидел, что микробами занимаются. Тысячи статей в год интересных, люди очень много интересного пишут и про иммунитет и микробов, и про раковые заболевания и микробов, и в целом про связь микробов или микробиоты, особенно кишечника, с заболеваниями. Горячая тема. И эта горячая тема — постгеномная эра. После того, как люди посчитали, вычислили, прочитали геном человека, те же самые технологии они обратили на микробов. И выяснили, что нас гораздо больше, чем раньше предполагалось.



    Изучают нас из-за того, что в нас есть ДНК. Ты удивишься, но во мне ДНК такая же, как в тебе. Я себе просто эту мысль в тишине иногда думаю, что во мне такая же ДНК, как в людях. Это поражает. Все-таки мы супер-разные, а записано все ноликами и единичками. Хотя, может, тебе это очень знакомо. Почему? Потому что ты делаешь всякие эти приложения, и полезные приложения, и бесполезные. И полезное приложение из ноликов и единичек, и бесполезное. Тут главное — правильно выстроить порядок. Хотя я уверен, что мой порядок никто не выстраивал, за меня эволюция работала. Те мои братья, которые были посильнее, предки, они просто оставались. Те, которые как-то неправильно изменялись, они исчезали. Это то, что называется отбором. И совокупность наших генов называется мета-геном. Это то, что тебе — человеку, который анализирует данные, — подается в первую очередь как сырые данные. И эти гены можно найти в любой среде. Даже в ядерном реакторе или на космической станции есть мои друзья-микробы, и у них тоже есть гены, и они действуют по тем же правилам.



    Если посмотреть в кишечник, можно увидеть разнообразие, то есть много есть таких ребят, как я. Но есть еще и другие виды. Они в другой кепке, в других очках, кто-то в кроссовках, кто-то в шортах. Примерно от 300 до 1000 видов таких ребят живет в каждом кишечнике. И удивительно: если так прикинуть, то мы не очень поймем, каких клеток больше: меня, то есть микробов, или твоих собственных. Но мы там все умещаемся в эти 1,5 кг сухого веса, который есть у тебя в кишечнике. Почему? Потому что мы реально меньше. Если ты не догадался, то я сейчас — всего лишь увеличенная копия микроба.



    Поэтому число генов, каких-то функциональных участков ДНК, которые что-то могут делать, получается на пару порядков выше, так что на самом деле я могу гораздо больше, чем ты, и я твое эволюционное приспособление, чтобы ты мог хулиганить. Ты свой генетический код никогда не изменишь, и когда ты начинаешь есть нехорошую еду, в первую очередь я к этому учусь приспосабливаться. Сейчас я тебе прямо из данных покажу, как я это делаю.







    Хорошая картинка, очень старая. Тогда еще про гены никто не читал усиленно. Часть заболеваний на английском языке написана, заболеваемость падает. Это все инфекционные заболевания, причиной которых являются такие же ребята, как я, но они гопники с виду. А другие заболевания связаны с твоей иммунной системой. Например, диабет или астма. Что-то в ней не так работает. И это происходит прямо в наше время. В человечестве инфекционных заболеваний меньше, а заболеваний, которые связаны с иммунитетом, становится больше. Это интересно.



    Что произошло, почему стало спадать количество инфекционных заболеваний? Потому что вы придумали антибиотики. Антибиотики — это такие маленькие вещества, которые не дают мне либо размножаться, либо двигаться, и тогда я умираю. И ты эти антибиотики принимаешь, чтобы от плохих ребят избавиться, но страдают все, потому что мы устроены практически одинаково, никакого специфичного лекарства от отдельной бактерии, от отдельного микроба, не существует. И поэтому хорошие ребята тоже умерли — иммунитет страдает.



    Я вас, людей, изучаю в последние 10 лет: кандидат биологических наук — это то и значит, что я изучаю жизнь. Все это время я думаю, что иммунная система была создана у человека, чтобы вычислять, какие микробы есть, правильно их поддерживать. И в основном это происходит в кишечнике, и, опять же, по количеству клеток. То есть ты отлично умеешь контролировать, кто там должен находиться.







    Вот тоже интересная история, пока не относящаяся к данным. С самого детства все зависит от того, как ты родился. Если это кесарево сечение, то к тебе первые микробы попадают в кишечник с кожи матери. Если это оригинальный, исконно человеческий способ рождения, то микробиота вагинальная, и оказывается, что наш кишечник привык за это время делаться правильным, вырастать, исходя из того, что вначале микробы от мамы передаются из ее влагалища. Если же они с кожи мамы, то это совсем другие микробы и начинает происходить не так. Часто это выражается у детей, например, в аллергиях. Подтверждением этого являются уже существующие рекомендации: если было кесарево сечение, то после этого ребенка обмазывают в материнском соке, и тогда правильные микробы попадают в кишечник, и дальше все происходит правильно.



    У детей эти микробы сильно меняются: то те, то другие. Они болеют, и иммунитет привыкает. В какой-то момент, как мы думаем, окно возможностей закрывается. Ты запомнил всех хороших и всех плохих за счет своей иммунной системы. Это супервычислительная машина. Она может по одному маленькому элементу, просто по кепке, узнать меня как микроба и сказать, свой я или чужой. Поэтому если ты пьешь всякие кефиры с живыми бактериями, они у тебя останутся, но до трех-пяти лет нигде не записано, что они свои. Можно поразмышлять, что у тех детей, которые рождаются сейчас, уже встроен одинаковый код, потому что они с детства пьют эти синтетические бактерии. Возможно, это место для суперхакерских атак на будущих людей, потому что у всех них записан код одной и той же синтетической бактерии. Компанию, которая это делает, ты назовешь сам.







    Во взрослом возрасте наша комбинация, наше соотношение примерно такое, как ты питаешься. Так устроено. Зачем нужно много разных? Потому что мы специалисты в разных вещах. Специалисты в том, чтобы переваривать разные полимеры в твоей еде. В основном ты раньше ел не так много животной пищи, много растительной, и мы, твои микробы, приспособились переваривать эту растительную пищу. Каждый из нас умеет делать что-то одно. Представь себе, что ты растительной пищи ешь немного, или получаешь ее сразу с завода. Она перемолота, нам почти ничего не остается. И специалисты уходят. Просто серые будни твоего кишечника — это всегда однотонная еда из одной и той же картонной упаковки.



    Когда ты стареешь, мы, на самом деле, думаем что мы готовим тебя к смерти — чтобы ты снова переварился на более простые составляющие, и мы из тебя создали новую жизнь на этой планете. В принципе, мы так делали всегда.



    Интересный способ понять, как это здорово устроено и как это встроено в человеческий организм. Есть такая теория, что через иммунные клетки из кишечника матери микробы передаются с молоком ее ребенку. Там, у него в кишечнике, открываются эти иммунные клетки. Таким образом мама с какого-то момента заселяет кишечник ребенка полезными микробами. Другими словами, пока создавалось это эволюционное тело человека, мы нашли способ проникать к твоим детям максимально быстро и безопасно.







    Вот эта картинка на самом деле интересная. Когда-нибудь в реальности тебе понадобилось избавиться от большого количества плохих микробов. Ты сделал две вещи. Антибиотики я уже назвал. Второе — про гигиену: ты заставил всех мыть руки. Крайний вариант — Маяковский, который вообще боялся всего, и все мыл со своим тазиком. Это суперкультурное явление. Мы должны понимать, что ни в какой живой природе такого явления и мема нет, будто надо все мыть. Ты его создал, создал какие-то суперсказки, они причем в разных народностях могут быть разные. В моем детстве, в твоем детстве, в чьем-то детстве в 1980-е годы точно был этот персонаж Мойдодыр, и мальчику с грязными руками и грязными ногами просто было супермегастыдно. Сейчас, если ты наберешь «теория гигиены» в Википедии, то тут же найдешь теорию одного европейского врача о том, что количество аллергий у детей связано с тем, что они помещены в суперстерильные условия. За счет этого иммунная система не обучается, то есть она живет в стерильной коробке. И потом, столкнувшись с чем-то действительно враждебным или полезным, она на все это реагирует воспалением. А воспаление — это и есть аллергия.







    Прикольная история про питание, про то, как это может быть интересно устроено. Например, ты ешь мясо, и один мой коллега — тоже микроб — может из этого мяса получать вещество, которое будет потом создавать холестериновые бляшки. Если такого коллеги у тебя не живет, то проблем с мясом у тебя нет. Если же он у тебя поселился, то хорошо бы по этому поводу подумать, как-то это отрегулировать. Потому что я понимаю, что одна из твоих целей — оставаться в этом теле как можно дольше, сохраняя при этом его работоспособность и радость к жизни. Нужно, чтобы тело было не просто оболочкой, которая путешествует сотни лет куда-то, а чтобы она была живой оболочкой. Поэтому интересно обращать внимание. И здесь уже начинаются всякие данные, которые есть в интернете.







    Ты начал меня активно изучать во время этой истории про эпидемиологическое ожирение в Соединенных Штатах Америки. С 1990 по 2008 год в некоторых штатах ожирение как диагноз с 10% выросло до 30%. На самом деле, это не очень похоже на те голливудские фильмы, которые ты смотрел. По улицам действительно ходят очень полные люди. У 30% из них стоит диагноз. При этом структура питания за эти 30 лет у американцев не менялась. И Джеффри Гордон, исследователь, обнаружил, что у людей, которые более стройные, slim, и у людей полных с диагнозом «ожирение» разные микробы. Более того, когда он этих микробов от людей с ожирением пересадил в мышей, выяснилось, что мыши быстрее набирают вес. То есть этот вариант микробов, который живет у людей с ожирением, производит больше калорий из того же количества пищи. И тогда ты понял, что состав микробов оказывает влияние на то, как ты будешь себя чувствовать.







    Такая же интересная история происходит на пищевом рынке, когда люди получают мясо. Если субтерапевтические дозы антибиотиков давать животным, то они потихонечку набирают вес. Если ты в капиталистической стране, то чем больше ты из того же количества корма и того же количества времени получишь веса, который ты продаешь в долларах, тем тебе выгоднее. Естественно, в какой-то момент все производители животных стали пользоваться этим свойством. Когда эти животные попадают на стол и дальше внутрь человека, антибиотики как вещества практически никуда не деваются, и человек становится таким же потребителем субтерапевтических доз этих антибиотиков. И результат точно такой же — человек просто набирает вес. Субтерапевтические дозы — это здесь важно, потому что дозы такие маленькие, что ни Роспотребнадзор, ни Американпотребнадзор их просто не засекают. Есть какие-то пределы чувствительности.







    Другая твоя история — действительно живой проект, можно на него посмотреть. Он назывался Happy Meal. Сам догадаешься, почему. На 137 день оставленная на воздухе еда выглядит примерно так же, как она выглядела в магазине. Почему она так выглядит? Потому что ни микробы, ни плесень эту еду не едят. Представь, что такая еда попадает внутрь тебя, и там такие же микробы. Они тоже не очень хотят ее есть. Говорят, потом «Макдональдс» выпустил опровержение, что там никакой химии специальной нет, просто очень много соли. Но если подумать, нам все равно, что там в большом количестве не дает микробам нормально расти.







    Еще одна картинка, уже более сложная. И она уже прикольная — про данные, которые в разных экономических группах показывают, как растет подушевой доход, и что происходит с потреблением мяса, пустых калорий — это в основном алкоголь и сладости, — и вообще с количеством калорий. Вот экономическая группа А — самые богатые страны с 1961 по 2009 год. Доход вырос, потребление мяса выросло. В группе B начиналось ниже, но там то же самое происходит. И фактически всё, что мы видим во всех экономиках, — это если растет подушевой доход, то люди начинают есть больше мяса, больше пустых и диетарных калорий. Кроме Индии, там мясо не едят. То есть прямо from data видно, что чем больше мы зарабатываем, тем больше едим. И едим мы те самые пустые калорий, которые не суперполезны нашим микробам. А образ жизни — притом, что мы больше зарабатываем — становится не суперподвижный.







    Мы когда-то смотрели этих микробов в России и обнаружили, что в больших городах — Новосибирске, Санкт-Петербурге — микробы такие же, как у европейцев и у американцев. Такие же комбинации. А в деревнях другие микробы, какие-то уникальные составы. И мы тогда поняли, что это прямо эффект глобализации, что когда человек приезжает из деревни в город, он попадает под фильтр антибиотиков, которые есть в еде, и простых консервантов, которые есть во всей еде. Ао всему миру одни и те же люди покупают продукты во всех магазинах. И это фильтрует и убирает какие-то одни микробы, и остаются только те, которые могут пережить такой геноцид. Тогда мы все становимся одинаковыми, мы не можем отличить европейца от американца и от русского, который живет в большом городе.



    Еще одна маленькая история. Всё, что я сказал про антибиотики, относится и к ней тоже. Важно это знать, потому что это мировая тема, которую тоже можно отследить в данных. Вообще, ты выпускаешь все больше и больше антибиотиков, и та доза, от которой умирала первая бактерия, когда был сделан первый антибиотик, сейчас должна быть стократной, чтобы убить бактерию. Мы всегда приспосабливаемся из-за того, что можем поделиться раз в час, и нам несложно умирать. Мы приспосабливаемся гораздо быстрее. Есть вероятность, что возникнет такой нехороший парень среди нас, на которого не будут действовать ни одни твои антибиотики. Он будет передаваться быстро и будет смертелен. Это проблема антибиотикобезопасности. Антибиотики кружат во всей среде.







    Мы с ребятами сделали такую картинку про то, какие бывают разные уровни резистентности к разным антибиотикам в разных странах. Ее можно найти онлайн или в этой статье. Интересно, что чем более страна индустриализована, как, например, Китай, тем больше резистентности. И у тех же самых китайцев мы видим резистентность еще и к химическим веществам. То есть микробы начинают обрабатывать какие-то неприятные химикалии, попадающие внутрь организма. Они уже приспосабливаются. Но не очень понятно, делается ли от этого китайцам лучше или нет.



    Хороший проект, в котором мы участвуем с российской стороны — микробиота метрополитенов всяких городов. Сейчас здесь уже почти 100 городов. Началось все это с Нью-Йорка. Собрали ДНК со всех станций и посмотрели, какие там микробы. И, например, про данные — которые, кстати, тоже открыты, — мы решали недавно следующую задачу: можно ли по составу микробов определить, какая это станция метрополитена? Потому что от разных станций разные микробы едут в центр, и там уже на пересадке все смешиваются.







    Вообще, мы воспринимаем эту тему про микробов как complexity science. Мне кажется, что гуру complexity science находится в Санта-Фе. Там есть такой Complexity University, Institute of Complexity Science, я когда-то там проходил стажировку. И один из способов изучения сложности… Сложностью мы называем состояние из простых объектов, между которыми есть какие-то связи. И молодежную систему мы создали уже из двух бактерий, трех веществ, которыми они обмениваются, какой-то еды, которая поступает, и кишечника. Мы даже в какой-то момент симулировали. Красные и синие бактерии — кишечник, и все это между собой общается. Это называется Agent Based Modeling. Можно эту историю запускать, а потом смотреть, получим ли мы что-то похожее на происходящее в реальной жизни. Например, мы получили систему с двумя стабильными точками, и точки отличаются в зависимости от того, как микробы распределены в кишечнике. На самом деле люди пока это померить не могут. Но мы тоже представляем, что одни живут ближе к стеночке, другие любят посерединке.



    Потом мы за счет этой системы прием лекарств симулировали, и выяснили, что в каком-то случае вдруг вымирают все микробы, которые неустойчивы к лекарствам, и остаются только те, которые устойчивы. Таким образом резистентность может распространяться по планете.







    Другая история — например, про ДНК. Я немножко расскажу вглубь про алгоритмы, про Data Science Day. Можно прям взять последовательности ДНК микробов. Мы работаем с последовательностью примерно в 200 букв. Попилим ее на k-меры —слова длиной k. Мы брали, по-моему, девятибуквенные слова. Можно дальше по этой подписи и частоте девятибуквенных слов пытаться сравнивать между собой микробный состав всех находящихся здесь людей. Что интересно, уже при таком подходе мы нашли таких людей, у которых было какое-то новое существо, и оно оставляло новый след из этих девятибуквенных слов. Про это даже где-то напечатали, в Bioinformatics. Тогда в указанном существе не было генома. Пока мы дописывали статью, геном появился, и мы явно доказали, что перед нами то самое существо, которое можно определить всего лишь по частоте букв, то есть по не очень сложной метрике.



    Еще мы любим работать с графами. Я не очень понимаю, какой у тебя уровень. Я слышал предыдущее выступление. Понимаю, что уровень, наверное, какой-то супер-высоко-математическо-программистский, поэтому оставлю слово графы без объяснения.



    Есть такие графы де Брёйна, в которых решается следующая задача: найти суперстроку, в которую будут входить все подстроки, и таким образом собрать геном маленького микроба, потому что люди могут его только по частям получать. И мы научились эти графы считать быстрее за счет того, что мы не обрезаем в них всякие хитрые разветвления, а оставляем их и умеем с ними работать в высокопроизводительных компьютерах. Кто бы мог подумать? И это тоже заслуга. То есть нерешенных задач с уже решенными методами здесь очень много.







    Я специально привел обычного программиста, который пришел ко мне на работу два года назад, чтобы он от чистого сердца поделился тем, что он может сделать в биологии.



    Анатолий Васильев, инженер-исследователь «Атласа»:

    — Я пришел два года назад, у меня совсем не было биологического бекграунда. Мой опыт подсказывает: чтобы заниматься Data Science в биологии, необязательно иметь биологическое образование. Я хочу рассказать вам сегодня о том, чем я занимаюсь, на примере двух алгоритмов.







    Первый — анализ уровня синтеза витаминов микробиоты человека, второй — text mining фактов про бактерии.



    Что касается анализа уровней синтеза витаминов, задача может быть сформулирована так. На входе у нас есть множество матриц. Для начала, это так называемая матрица относительной представленности бактерий в образцах. Каждый образец — какой-то человек, микробиота конкретного человека. Таким образом, матрица говорит о том, какие бактерии у него есть в кишечнике. И затем это несколько справочных матриц из открытого проекта PICRUSt. Вот матрица о том, какие гены бактерий с какими ферментами связаны. Витамины состоят из ферментов. И на выходе мы хотим получить матрицу, в которой будет содержаться информация об уровнях синтеза витаминов в образцах. И, на самом деле, исходя из описания задачи уже видно, что она сводится к множеству операций агрегации и связывания матриц. И как data scientists — я один из них в числе этой команды — мы занимались реализацией алгоритма, проведением exploratory-анализа и всем, что связано с кодом. Но нам необходимо было руководство биолога для того, чтобы он преподнес нам концепцию алгоритма и помог понять, какие математические операции имеют и не имеют смысл с точки зрения биологии. Например, не всегда понятно, что корректно брать — медиану или среднюю.







    Покажу вам heatmap. Он показывает способность микробиоты, образцов, к синтезу ферментов витамина B9. Чтобы микробиота могла его синтезировать, она должна также синтезировать все ферменты, из которых он состоит. Названия образцов немножко слились, но сейчас это не так важно. Исходя из этой heatmap мы можем увидеть некоторые группы образцов, у которых, например, все довольно хорошо с синтезом этого витамина. Почти все ферменты присутствуют. Но есть две группы образцов, у которых все хуже, и как data scientist я могу задать вопрос: что отличает группу этих образцов? Я могу сравнить эти образцы по их бактериальном составу или по каким-то метаданным. Может быть, все эти образцы принадлежат людям, которым за 40, например.







    На самом деле у нас очень много матриц. В случае алгоритма анализа синтеза витаминов размер матрицы небольшой, он помещается в оперативной памяти, поэтому такой анализ легко провести у себя на ноутбуке. Но в случае, например, данных WGS (whole genome sequencing — полногеномные данные) у нас есть матрица о представленности 9 млн генов в 10 тыс. образцах, то есть это 9 млн столбцов и 10 тыс. строк. Такая матрица не помещается в оперативной памяти, поэтому нам нужны технологии для работы с Big Data, такие, например, как HBase — потому что он заточен под матрицы. Мы думаем, что с помощью Big Data-технологий мы можем собирать огромное количество биологических данных, накапливать их. Уже сейчас у «Кномикс» есть данные об относительной представленности бактерий и основанные на них результаты анализов. Например, уровни синтеза витаминов.







    Дмитрий:

    — Мы стали смотреть на все эти кучи матриц. У нас есть рабочее название MetaMut. Это такой проект, где мы можем представить в виде гигантской матрицы все исходные данные для биологических алгоритмов, которые мы используем в связи с микробами. Данные говорят, какие бактерии есть, какие гены, какие в этих генах мутации. Размерность матрицы мы прикидываем в районе 20 млн таких столбцов, а строк столько же, сколько образцов. И дальше каждый алгоритм, который люди официально выпускают в виде статьи, считающей что-то про микробов, мы на самом деле можем представить в виде набора матричных операций перемножений, сложений, транспонирований и т. ж. И тогда мы подходим не к биоинформатике, всей этой суперформализованной науке, а просто к правильному языку матричных операций. Если мы думаем и надеемся, что такую сложную историю про бактерии, гены, всякие обходы графов и так далее мы можем представить всего лишь в виде конечного набора матричных операторов… в этот самый момент описанный язык станет конструктором, с помощью которого любой data scientist, не погружаясь в смысл, сможет упражняться с матрицами. И когда он будет находить интересные свойства внутри матриц — с математическим образованием это не очень сложно, — у него всего останется лишь вопрос, есть ли здесь какая-то интерпретация. Он с этим вопросом будет возвращаться обратно к биологу.











    Анатолий:

    — Дальше я хотел рассказать про text mining фактов про бактерии. На входе этого алгоритма у нас есть корпус из 16 тыс. научных статей про микробиоту кишечника человека. И также у нас есть каталоги, они же словари названий бактерий, болезней, пробиотиков, еды. И мы хотим получить таблицу с предположительными фактами про бактерии. То есть это такие триплеты: бактерия, еда и как они между собой связаны. Среди наших инструментов для решения этой задачи были стандартные средства natural language processing —кстати, из пакета spaCy, а также ручная подготовка выборок. И именно здесь нам были необходимы биологи, чтобы они вычитывали предложения из этих статей, где мы ищем связи, и помечали их как positive или negative. Мы извлекали отношения между сущностями в этих предложениях, где сущность — это бактерия, еда. Оно у нас построено на поиске кратчайшего пути между словами в графе предложений. И у нас есть такая гипотеза, что по кратчайшему пути мы можем определить связь между двумя сущностями. Затем мы применяли transfer learning pipeline: это экстрактор фич и какой-то простой классификатор, simple classifier.







    Я решил вставить небольшой пример кластеризации. Мы собрали много-много кратчайших путей из разных графов научных предложений, в которых встречалось какое-то название бактерий — например, Faecalibacterium prausnitzii — и какая-то еда или пребиотик инулин. Мы связывали эти две сущности в предложении, и получили много разных кратчайших путей в графах. И мы их кластеризовали, получив такую интересную картинку. На самом деле она нам говорит о том, что наша гипотеза, все эти кратчайшие пути в графах, возможно, действительно работают и как-то систематизируются. Это PCA.







    Дмитрий:

    — Здесь же есть другая важная история. Мы работаем с научными текстами. И люди, если честно, в научных текстах используют не всю глубину и выразительность английского языка. На самом деле, допустим, я как человек, который закончил физтех, могу определить человека, который закончил физтех по стандартным английским выражениям, которые он использует. Там в целом есть какой-то словарь-минимум. Для науки тоже существует такой словарь-минимум. И эта возможность классификации каких-то стандартных оборотов, которые сообщают нам факты, упрощает семантический анализ текста.



    Мы дальше из Толиной работы взяли и построили граф заболеваний так, чтобы заболевания были ближе друг к другу, если сказано про то и про другое заболевание, если их связывает одна и та же бактерия. И это происходит чаще, чем в среднем. Оказывается, что просто проанализировав текст, связав заболевания с бактериями, а бактерии с заболеваниями, мы получаем граф связи заболеваний между собой. Какие-то воспалительные заболевания кишечника и диарея — вроде бы понятно, что они находятся вместе. Но когда здесь возникает болезнь Альцгеймера, которая вообще про другое, нежели диарея, то становится интересно. Вот яркий пример: биологи уже знают, что это может быть один и тот же процесс иммунитета, который приводит либо к нарушениям либо в кишечнике, либо в мозге. А эти — точно такие же — данные мы смогли получить просто посчитав, как тройки заданного формата связаны друг с другом.



    Спасибо вам большое. Надеюсь, вы станете добрее относиться к нам, микробам, и к программистам, конечно.
    Original source: habrahabr.ru (comments, light).

    https://habrahabr.ru/post/331158/

    Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    rss_rss_hh_new

    Как наука о данных помогает развитию медицины. Лекция в Яндексе

    Воскресенье, 04 Июня 2017 г. 15:09 (ссылка)

    https://habrahabr.ru/post/330152/

    Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    Аноним

    Среда, 01 Декабря 1970 г. 03:00 (ссылка)

    Комментарии ()КомментироватьВ цитатник или сообщество
    Stepan_Sikora

    Ученые удалили ДНК ВИЧ из генома живых мышей

    Вторник, 09 Мая 2017 г. 18:35 (ссылка)
    fenixslovo.com/ru/society/science/14830

    Группа ученых удалила ДНК ВИЧ из генома живых мышей, используя систему редактирования генов CRISPR. При этом грызуны выжили. Пока что рано называть но...
    Метки:   Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    Bandirio

    Миома матки, болезни печени геном меома.

    Среда, 19 Апреля 2017 г. 15:35 (ссылка)

    цирроз печени можно с фото


    Существует мировоззрение, что если дама не рождает малышей, она «рождает» миому. Ранее этот недуг называли «заболеванием монахинь», полагая, что причина заболевания - целомудрие. Эти утверждения частично верны, так как чем подольше дама отрешается от материнства, при этом используя любые способы (контрацепцию, аборты), тем выше риск «заполучить» миому матки.
    где вылечивать цирроз печени москваМиома - это доброкачественная опухоль матки. Но невзирая на это, она может доставлять много проблем даме: вызывать нарушения цикла, боли в животике, бесплодие, опасность выкидыша и досрочные роды.

    исцеление печени после роста
    болезни печени презентация

    Когда пациентка слышит от собственного доктора таковой диагноз, она здесь же начинает паниковать и терять веру в излечение. По сути впору обнаруженная миома отлично поддается исцелению и в дальнейшем не принесет никаких осложнений. Естественно, она представляет собой качественную опухоль, но это совершенно не означает, что с появлением такого диагноза жизнь выносит вам приговор.
    узи печени в субботуВрачи говорят, что предположить у себя миому можно и нужно в случае длительной и обильной менструации. Чем дольше вы будете затягивать с визитом к врачу, тем больше шансов у новообразования разрастись. Кстати, на то, что опухоль увеличилась, указывает и частое наступление критических дней. Поэтому если менструация возникает у вас два и поболее раз за месяц, это уже повод забить тревогу.
    книгу о лечение печениОтчего бывает миома матки?

    Причины этого заболевания современной науке до конца не известны. Считается, что миома появляется из-за гормональных сбоев. Многие винят неудачную наследственность: есть семьи, в каких все женщины из поколения в поколение страдают доброкачественными опухолями матки.
    симптоматика и лечение гематомы печениЧасто миома возникает у полных дам, при нарушениях менструального цикла и заболеваниях молочных желез - мастопатии.
    лечение печени от зашлакованностиТакже больше шансов заболеть у тех женщин, которые ведут сидячий стиль жизни, мало занимаются спортом, особенно если работа у них ответственная и нервная.
    цирроз печени сколько жить Воспалительные заболевания также могут влиять на появление миомы. Другой немаловажный фактор - отсутствие нормальной половой жизни.
    гипотериоз печени лечениеКак проявляется миома?
    лечение печени в санатории есентукиОбычно, у большинства женщин миомы бывают небольших размеров. Такие опухоли особых неудобств не доставляют и здоровью не грозят.
    цирроз печени гинекомастияКак лечить миому?
    лечение печени и кишечникаЛюбую болезнь проще предупредить, чем лечить. Это относится и к миоме. Вовремя обследоваться при неполадках в цикле, следить за своим весом, обменом веществ и заниматься физкультурой - все это не так и трудно. Ну а если миома уже появилась. Тогда остается один выход - всерьез заняться ее лечением.
    лечение пыльцой при заболеваниях печениВпрочем, совсем небольшие опухоли, не доставляющие женщине каких-либо неудобств, можно даже на некоторое время оставить в покое. Однако это не значит -пустить дело на самотек. Таким женщинам рекомендуется регулярно (по крайней мере, 1 раз в полгода) проходить ультразвуковое обследование, желательно в одни и те же дни цикла: дело в том, что миома может меняться в размерах зависимо от того, в какой день проведено обследование.
    рак печени картинкаЕсли миома начала расти или заявляет о себе как-то иначе, обычно врачи назначают гормональные препараты. Дополнением могут послужить витамины и травяные сборы.
    история цирроз печени асцитЕсли же все эти методы оказываются неэффективными, то приходится прибегать к хирургическому вмешательству - операции по удалению опухоли.
    цирроз печени у кота симптомыВ ближайшее время появился новый метод лечения - эмболизация маточных артерий. Заключается он в том, что через специальное устройство в просвет сосуда, питающего миому, вводятся особые частицы, в результате чего кровоснабжение опухоли нарушается. В конечном итоге опухоль уменьшается в размерах и исчезает. ЭМА-процедура в среднем занимает 35 минут. Доза облучения на яичники минимальна и не сказывается на фертильности и здоровье в целом.
    как цирроз печени влияет на пародонтДругой вариант - это удаление узлов опухоли - миомэктомия. При всем этом удаляется собственно опухоль - ткань матки остается практически нетронутой. У женщины сохраняется возможность забеременеть, а в дальнейшем - выносить ребенка.

    диете при болезни печени
    Миома матки. Что же это все-таки за болезнь?
    Метки:   Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    Master_15

    Гигантское значение, которое имеют волновые геномы в Новой Эре.

    Пятница, 07 Апреля 2017 г. 21:19 (ссылка)



    Одна из ниш фундаментального метафизического знания
    повествует нам о существовании такого раздела, как -
    лингвистико-волновой геном.
    Вы можете ознакомиться c этим, достаточно инновационным
    форматом научного раздела, исследовав деятельность
    известного русского учёного - Петра Гаряева...

    Вы можете почитать информацию об этом в интернете ....
    Можете забить в "youtube" Пётр Гаряев, и найти конкретные
    видео по теме, которые раскроют перед вами сведения
    о том, что такое лингвистико-волновой геном.

    ....

    Мы живём в век, когда многие процессы (.... информационные,
    ... энергетические, .... тонкополевые, .... волновые,
    ...... метафизические, ... магические, ... частотные,
    ... и многие другие....) ускоряются...

    ..... Мы живём в век, когда наша духовная сущность (Дух)
    завязывает такие виды связей с пространством, и с миром,
    которые имеют интенсивно кодифицирующую природу, что
    очень быстро влияет на перемены в нас, как многогранных
    живых существах....
    .......... Этот период даёт нам возможность выявить
    в себе те сакральные точки, которые отвечают за наше
    энергоинформационное развитие, ... и отследить действительность
    того, насколько огромной силой они обладают ...
    .... Таким образом, мы можем обнаружить:

    - неразрывную связь себя, и пространства;

    - информационно чуткую структуру, которой является
    наш геном (... или, наш генетический аппарат ...),
    который в Новой Эре, в связи с ускорением, и энергетизированием
    процессов (переходом на более высокие стандарты проявления
    жизни Духа), становится буквально - самовыстраиваемым .....
    самовоссоздаваемым (.... представляете себе! ... всё это
    действительно открывается! ....), или
    самопрограммируемым ..... ;

    - активное модерируемое состояние, в котором пребывает
    наш Дух, и его структуры, в мгновения связи с различными
    внешними источниками, получаемыми откуда-то извне,
    ... синтезируемыми, и обмениваемыми на определённом
    уровне ;

    Знание о геноме является тем кирпичиком, который
    запускает перемены в ряде перечисленных мною областей,
    в связи с возможностью, так называемого, "самовоссоздаваемого
    влияния" ... и это, поверьте, имеет большой вес, сейчас,
    в это время (... если к этому правильно подойти, и если
    делать определённые действия в этом направлении....).


    По умолчанию, геном - это база запрограммированных
    генетических конструкций (кодов), воссоздающих определённые
    элементы аппарата человека, с которым он живёт. Можно
    сказать, изначально геном проектируется Высшими Силами,
    в тандеме с индивидуальной душой, и в него вкладывается
    определённая регулируемая информация, необходимая человеку
    для жизни, и функционирования, как экзистенциальной
    гуманической сущности.

    В Новой Эре, в связи с открытиями некоторых земных
    учёных, мы имеем ещё одну трактовку генома, как -
    настраиваемого элемента, обладающего свойствами
    перепрограммирования человека на глубинных уровнях.
    Или, ещё можно сказать так: обнаружены свидетельства,
    позволяющие воздействовать на геном таким образом,
    чтобы он трансформировал самого человека ....

    Существуют фундаментальные исследования в этой области,
    которые в наше время, на нашей планете, только выявляются,
    и, вместе с тем, очень структурно, и хорошо развиваются,
    создавая целые ветви достаточно инновационных направлений
    в науке.
    .... Для метафизически направленных (.... и, на
    определённом уровне - подкованных ...) живых существ,
    не является секретом, что геном может иметь волновую
    природу.
    Когда мы говорим о воздействии, это, фактически
    тот формат, о котором я упомянул, вспоминая направление,
    выведенное профессором Гаряевым. Это - формат волны. А также - это формат речи.....
    Именно поэтому, направление в исследовании возможностей
    генома, получило название - лингвистико-волновой геном.

    Это говорит о том, что мы можем быть свидетелями
    такого явления в наших жизнях, как - воздействие (... или,
    влияние) активного типа волнового поля, и произнесённых
    речевых эквивалентов, на наш генетический аппарат, или
    геном.
    Поскольку это направление только изучается, то я перечислил
    только основную его форму выявленного свойства. Вместе
    с тем, как я уже сказал, существуют и многие другие ......
    И, при желании, можно с ними подробнее ознакомиться,
    нырнув в отчёты об исследованиях, и в прикладную
    литературу на эту тему, которая уже существует (....
    ... в числе прочих, главная, конечно же, это, книга
    Петра Гаряева, с одноимённым названием - Лингвистико-
    Волновой Геном.....).
    .... Также, мы можем быть свидетелями такого
    явления в наших жизнях, как - проявление "умных свойств"
    генома, в процессе воздействия на него волной, и
    речью.
    .... Из своей практической жизненной исследовательской
    сферы, скажу, что мой генетический аппарат перестраивается
    регулярно (.... на определённых, можно сказать, спонтанных
    уровнях ....) в зависимости от информационного
    контакта, который я осуществляю.....
    .... И, опыты показывают, что "волна", и "речь"
    имеют огромное значение, когда они проникают в меня, и,
    когда они излучаются мной. Скажем, в состоянии высоких
    вибраций, это может становится - очень существенной
    кодифицируемой величиной ....
    .... Такие сферы энергоинформационной активности
    моей жизни, как - просмотр телевизора, .... просмотр
    "youtub'a",
    ..... беседы с людьми в момент прогулки, .... это всё -
    активные квантовые сферы влияний на геном.....

    .... Могу перечислять и массу других. Хочу донести
    до вас то, что у вас ситуация может быть такая же......
    У вас всё - точно также работает, как у меня.....
    Наша жизнь - это огромное вселенское пространство
    получаемых, и обмениваемых энергий, часть из которых
    являются - магическими (!) .....
    ...... Если в условном 20-м веке, мы ещё пока не
    говорили о такой величине, как - каркасированность
    человека.... Мы ещё не упоминали о том, что существует
    более, чем расширенная квантовая область, выходящая
    в сферу влияния.... Мы ещё не были участниками
    более высокой энергии, ... и более насыщенного
    энергоинформационного пространства (... граничащего
    с многомерным...), то в 21-м веке это уже становится,
    по вышеописанным мной причинам, более, чем актуальным,
    .... а также, становится - потенциально применимым ......

    .... Потому, определённая жизненная активность, даже
    на самом обыкновенном бытовом уровне, ... даёт нам
    предварительное представление о том, что мы -
    самонастраивающиеся живые существа (во всех смыслах
    этого слова ...), и здесь существует, как минимум
    2 возможности:
    это - гармоничный настрой, и - дизгармония.

    Геном, обладая лингвистико-волновыми возможностями,
    способен создавать из речи, и из волны, определённые
    полевые голограммы, перенастраивающие его, а значит -
    изменяющие генетический аппарат человека, на определённом
    корректируемом уровне.

    Я, на сегодняшний день, как ангел с Великого Центрального
    Солнца, ... как человек Индиго, ... беру из универсальных
    космических, а также - фундаментально-научных, и
    инновационных знаний, то, что мне необходимо, и
    применяю это на точечном уровне.

    Бывает так, что я использую youtube для приёма
    лингвистико-волновой энергии. В этом случае, я стараюсь
    выбирать такие видео, которые подходят мне на тот,
    или иной период, в максимальной степени. Поскольку
    ноутбук является звуковым носителем (... и, в видеозаписях
    отбиваются передаваемые через Ноосферу коды Духа....),
    то это может проявлять очень сильную возможность
    связи геномов (... а также, это может проявлять
    очень сильную возможность связи голограмм....
    .... тех самых голограмм, о которых я писал в прошлой
    статье ...). Таким образом, я подбираю какое-то, например,
    видеоинтервью с человеком, которого я активно чувствую,
    и волновой геном которого мне сопутствует, по определённым
    причинам, .... и просматриваю выпуск видео. И это -
    пример того, как я практически реализовую возможность
    воздействия. После этого, у меня могут измениться
    энергетические свойства ауры, работа разума, ...
    и некоторые другие атрибуты моего индивидуального
    живого существа. Если мне необходимо что-то магическое,
    ... я стараюсь подобрать что-то такое же магическое.....
    Как правило - это одна из базовых моих целей....

    Это - мой пример.

    Тоже самое происходит сознательно, и бессознательно,
    ... со мной, ... и со многими из вас, в различных
    других сферах жизни, где проявляется волна, и речь.
    Часть из этих сфер я перечислил.

    Знания, о которых я упомянул, дают нам представление
    о том, что мы можем активно воздействовать....
    Практические уровни различных освоений дают нам более
    широкую ретроспективу, чтобы говорить о чём-то большем,
    чем один пример. Для этого существует - Сознание Света,
    и наше духовно-интегральное развитие (... или, сама жизнь,
    как она есть! ....). :-) :-) :-) :-) :-)
    Я - твой друг :-) :-):-) Ты - мой друг :-) :-):-)
    .... Давай вместе изучать... :-) :-):-)

    Фундаменталистика, и теория, дают, как всегда, этому,
    плодородную почву. А подход, который применяет каждый
    из нас, даёт проявиться универсальной вселенской
    энергии, в разноплановом качестве, что является следствием -
    обучения, и исследовательской аналитики.


    Узнавая что-то, мы можем становится - частью этих
    явлений, .... и интегрировать это (... с благодарностью,
    и любовью ...), в том числе, в свою экзистенциальную
    жизнь. Развивая чувствительность, мы можем быть более
    адаптивны к универсальным космическим энергиям, и их
    свойствам.
    116009_300 (300x203, 99Kb) 116261_300 (300x200, 93Kb)

    Метки:   Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    ЗДОРОВЬЕ_РОССИИ

    Лженаучная комиссия на посылках у иностранных концернов

    Среда, 01 Марта 2017 г. 16:01 (ссылка)

    Лженаучная комиссия на посылках у иностранных концернов (616x462, 39Kb)Если верить нашей прессе, то председатель официальной «Комиссии по борьбе с лженаукой» Академии Наук на днях высказал следующий перл: «ГМО были основой «зелёной революции» (совокупность изменений в сельскохозяйственном производстве развивающихся стран в 1940—1970 годах. - RT), которая в своё время спасла от голода Индию, отметил Александров. По его словам, увеличение числа людей на Земле до семи миллиардов - это главным образом заслуга генно-модифицированных продуктов. «Если мы хотим отказаться от ГМО, то человечеству придётся сократиться до одного миллиарда со всеми вытекающими последствиями», - заметил Александров».

    Вообще-то, если без демагогии, то ГМО – это организмы, геном которых изменен методами генной инженерии, а не любые сорта и породы, в том числе выведенные традиционными методами. Специально запутывать людей на этот счет – за гранью научной этики. Просто для справки: структура молекулы ДНК была изучена только в 1950-е гг. Ферменты рестриктазы, позволяющие кромсать ДНК в заданном месте, – ключевые для рождения генной инженерии - были открыты только в начале 1970-х. Первый рукотворный перенос фрагментов ДНК от одного организма к другому методами генной инженерии был произведен в 1972 году. Первое генетически модифицированное сельскохозяйственное растение (сорт табака, устойчивый к пестицидам) было создано только 1982 году. И даже в 1996 году площади, занимаемые ГМ-культурами, не превышали 17 тыс. кв. км – в 100 раз меньше, чем в 2013 году. То есть, ощутимую роль в снабжении человечества продовольствием ГМО стали играть только с начала XXI века, уже значительно позже «зеленой революции» и вызванного ею демографического взрыва. Последняя опиралась на сорта, созданные прежними, не генно-инженерными, по сути – «вавиловскими» и «мичуринскими» методами, а главным образом – на продвинутую агротехнику, на массовое применение минеральных удобрений и ядохимикатов в странах Третьего мира. Это позволило, без всяких ГМО, довести население земного шара до 6 миллиардов человек (в 1999 году). А вот правильно ли его форсированно увеличивать и дальше, с учетом колоссального давления на экологию планеты, это большой вопрос.

    Все это не является секретом: любой школьник может уличить нашу «Лженаучную комиссию» в заведомой лжи, воспользовавшись Википедией.

    Читать далее...
    Метки:   Комментарии (6)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    Stepan_Sikora

    Сверхлюди среди нас: 10 реальных мутаций генома человека

    Вторник, 21 Февраля 2017 г. 16:45 (ссылка)
    fenixslovo.com/ru/society/science/14080

    В какой-то момент каждый из нас фантазировал о жизни супергероя. Конечно, обтягивающее трико может быть неудобным в некоторых местах, но это малая цен...
    Метки:   Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    Сергей_Удачин

    Предпочтения в выборе партнёра занесены в наш геном

    Четверг, 13 Января 2017 г. 00:32 (ссылка)


    Источник


    геномпред (500x281, 77Kb)

    Масштабное статистическое исследование выявило взаимосвязь между предпочтениями в выборе партнёра и ДНК. Другими словами, мама и папа понравились друг другу не случайно: они специально искали того, чей геном похож на их собственный.
    Читать далее...
    Метки:   Комментарии (1)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    PogrebnojAlexandroff

    ***

    Воскресенье, 18 Декабря 2016 г. 20:35 (ссылка)

    ​​Что за возмущения и истерики по поводу методов слежения и регистрации граждан? Скоро мозги просматривать и прослушивать будут на расстоянии, и к этому готовили с доисторических времён человечества все религиозные конфессии и их деятели, напоминая, что Бог (бюро охраны господ от биологической основы генома) всё видит и слышит.

    Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    Apple_of_Eve

    «Мой неповторимый геном» Правда и мифы о влиянии воспитания на генетику.

    Пятница, 16 Декабря 2016 г. 14:24 (ссылка)




     







    В психологии распространена идея, что обстановка в семье влияет на формирование личности человека настолько, что может даже творить чудеса. Неизвестно, что является причиной распространенности данного мифа как аксиомы, работающей всегда. То ли причиной тому  советская идеология, нацеленная на появление человека новой формации. То ли все дело в советской школе психологии, много внимания уделявшей теме развития личности и  этапам ее формирования. То ли попросту влияет тот факт, что ощутимая часть отечественных психологов - выходцы и системы образования, педагоги. Но идея о том, что " главное - правильно воспитывать ребенка, и тогда он гарантированно будет счастлив " по-настоящему живуча. Адептов этой идеи не смущает, что из шимпанзе не воспитать человека ни при каких обстоятельствах. Обратная сторона этой идеи - это о том, что с генетикой не поспоришь. Сюда относятся и поклонники всевозможных теорий Ломброзо, телегонии и пр., а также есть такая тема, как евгеника, которая в общем-то во многом неэтична.



    На самом деле, правы и те и другие. Да, "плохую" генетику можно " исправить" воспитанием в смысле, человек становится социально успешным. Но в некоторых случаях, как ни воспитывай, хорошая генетика  при рождении  и  хорошие услвоия в семье - далеко не гарантия успеха, а полностью все риски.



    Почему так происходит, описывается в интересной статье, которую привожу ниже







    «Мой неповторимый геном»













    n0fnkj4zha4



    Читать далее...
    Метки:   Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество
    svetovid

    Секреты бессмертия, трансплантировав белок тихоходок в человеческие клетки, клетки получили защиту от радиации

    Пятница, 09 Декабря 2016 г. 18:09 (ссылка)

    Tardigrade2 (650x558, 45Kb)
    Тихоходка «улыбается» в камеру микроскопа


    Тихоходки за счет своей живучести способны выживать в таких условиях, где не выживет ни один другой живой организм на планете Земля.

    Несколько секретов, наделяющих этих крошечных существ способностью выживать практически где угодно.

    Тихоходкам практически безразлично воздействие радиации и они вполне способны выживать даже в условиях вакуума космоса.

    «Отличительной чертой тихоходок является наличие уникальных генов, которые и позволяют этим организмам вырабатывать такой высокий уровень толерантности к суровым окружающим условиям».

    «Используя комбинаторный набор этих генов, мы могли бы повысить уровни выживаемости и у других животных», — говорит ученый.

    Ученые узнали, что одним из важнейших компонентов «живучести» этих микроорганизмов является особый белок, защищающий их ДНК от деструктивного воздействия радиации.

    Когда ученые трансплантировали этот белок внутрь взращенных человеческих клеток, эти клетки получили ту же самую защиту от радиации.

    Полученный результат открывает потенциальные возможности для новых методов сохранения клеточных связей, новых методов генной терапии, а также новые возможности в трансгенетике.

    Эта генетическая защита от радиации может быть адаптирована в клетках других животных.

    Несмотря на большую значимость белка Dsup, Куниеда считает, что способности сверхзащиты тихоходок скрываются и в других особенностях их строения и генетики, которые все еще только предстоит открыть.

    Как уже было указано выше, тихоходки, подпадающие под классификацию «экстремофилов», способны переживать заморозку, полную дегидратацию, воздействие радиации и даже вакуум космоса.

    Ученые считают, что этот вид появился на Земле около 600 миллионов лет назад и за это время смог развить в себе уникальные возможности адаптации к любым окружающим условиям.

    Генетическая структура этих живых существ обладает по-настоящему удивительной особенностью. Исследование показало, что 17,5 процента генома тихоходок берет свое начало у других организмов: растений, грибов, бактерий и даже вирусов.

    Секреты «бессмертия» этих древних существ могут не только рассказать о возможности существования живых организмов на других планетах, но и имеют огромный потенциал открытия новых возможностей в медицине и генетике.

    ================================================================

    http://hi-news.ru/research-development/uchenye-vyy...ret-bessmertiya-tixoxodok.html

    Ученые выяснили секрет «бессмертия» тихоходок

    Николай Хижняк

    Крошечные, микроскопические живые организмы под названием тихоходки широко известны в биологии за счет своей удивительной живучести. Они способны выживать в таких условиях, где не выживет ни один другой живой организм на планете Земля.
    Исследователи из Японии решили, наконец, разобраться в этом секрете живучести и создали самую точную на сегодняшний день картину генома тихоходок, который позволил им узнать несколько секретов, наделяющих этих крошечных существ способностью выживать практически где угодно.

    В статье, опубликованной в журнале Nature Communications, генетик Такеказу Куниеда и его коллеги из Токийского университета поделились деталями генетического анализа Ramazzottius variornatus – самого живучего вида среди всех семейств тихоходок.

    Результаты анализа показывают, что тихоходки смогли развить уникальный арсенал стратегий, помогающих им выдерживать самые суровые условия.

    Кроме того, ученые узнали, что одним из важнейших компонентов «живучести» этих микроорганизмов является особый белок, защищающий их ДНК от деструктивного воздействия радиации.

    Когда ученые трансплантировали этот белок внутрь взращенных человеческих клеток, эти клетки получили ту же самую защиту от радиации.

    Полученный результат открывает потенциальные возможности для новых методов сохранения клеточных связей, новых методов генной терапии, а также новые возможности в трансгенетике.

    Как уже было указано выше, тихоходки, подпадающие под классификацию «экстремофилов», способны переживать заморозку, полную дегидратацию, воздействие радиации и даже вакуум космоса.

    Ученые считают, что этот вид появился на Земле около 600 миллионов лет назад и за это время смог развить в себе уникальные возможности адаптации к любым окружающим условиям.

    Ранее в этом году ученые успешно вернули к жизни тихоходку, находившуюся в полностью замороженном состоянии в течение последних трех десятилетий, что является абсолютным рекордом для этого вида. Поэтому неудивительно, что ученых очень интересуют эти микроскопические животные.

    Секреты «бессмертия» этих древних существ могут не только рассказать о возможности существования живых организмов на других планетах, но и имеют огромный потенциал открытия новых возможностей в медицине и генетике.

    Стоит отметить, что это не первый раз, когда ученые составляют геном тихоходок. В прошлом году генетики Университета Северной Каролины (США) проводили аналогичные исследования и выяснили, что генетическая структура этих живых существ обладает по-настоящему удивительной особенностью. Исследование показало, что 17,5 процента генома тихоходок берет свое начало у других организмов: растений, грибов, бактерий и даже вирусов. Было сделано предположение, что удивительные способности тихоходок не являются исключительно результатом их собственной эволюции, а скорее являются результатом процесса горизонтального переноса генов, когда один организм передает свой генетический материл другому организму, не являющемуся его потомком.

    Однако новое исследование Токийского университета ставит под сомнение это предположение и говорит о том, что особенности тихоходок являются уникальными и совсем не являются следствием горизонтального переноса генов.

    Новое исследование в некоторой степени отличается от предыдущих. Во-первых, для своих наблюдений японские ученые использовали самый живучий вид тихоходок R. Varieornatus, в то время как в предыдущих исследованиях ученые вели наблюдение за видом Hypsibius dujardini, который является наименее живучим среди этих организмов.

    Во-вторых, ученые успешно исключили возможность воздействия на эти организмы других видов бактерий (вы не поверите, но наряду с другими средствами для этого использовались коммерчески доступные отбеливатели), что позволило просканировать геном тихоходок без воздействия каких-либо внешних раздражителей. Этот пункт оказался особенно важным, так как авторы предыдущих исследований заявляли о наличии большого объема бактериальных генов, включенных в геном тихоходок.

    В-третьих, ученые смогли секвенировать геном тихоходок на гораздо более высоком уровне точности, создав генетический профиль, в 100 раз менее фрагментированный, чем в рамках предыдущих попыток.

    Наблюдая за секвенированным геномом, ученые отметили, что соотношение «инородных генов» составляет 1,2 процента, что, конечно же, гораздо ниже тех 17,5 процента, о которых мы говорили выше.

    «Количественное соотношение на уровне 1,2 процента совсем не является чем-то уникальным для животного царства, и таким образом невозможно говорить о масштабном горизонтальном переносе генов, если таковой вообще имелся», — комментирует Куниеда.

    «Отличительной чертой тихоходок является наличие уникальных генов, которые и позволяют этим организмам вырабатывать такой высокий уровень толерантности к суровым окружающим условиям».

    Авторам нового исследования удалось выяснить, какие гены и биологические процессы наделяют тихоходок столь удивительными возможностями выживания. Например, в геноме тихоходок содержится больше, чем у любых других живых организмов, антиоксидантных ферментов и генов, восстанавливающих ДНК. Куниеда говорит, что эти особенности позволяют тихоходкам без проблем переживать полную дегидрацию их организма и эффективно восстанавливать поврежденные цепочки ДНК.

    Кроме того, ученые обнаружили наличие особого белка, который встраивает себя в ДНК. Уникальный белок, получивший название Dsup, ведет себя как щит против радиации, не позволяя ДНК расщепляться. Это вполне может объяснять тот факт, что тихоходкам практически безразлично воздействие радиации и они вполне способны выживать даже в условиях вакуума космоса.

    Эта генетическая защита от радиации может быть адаптирована в клетках других животных. В рамках тестов с использованием культивированных клеток человека ученые продемонстрировали эффективность белка Dsup в противостоянии радиации и защите ДНК от повреждений, снизив их практически на 40 процентов. Другими словами, если этот особый белок можно будет поместить внутрь живых людей, то это повысит уровень нашей естественной защиты от радиации. Более того, биология тихоходок в той или иной степени может сделать человека более приспособленным к условиям космоса.

    «Интеграция белка Dsup в человеческий организм может повысить нашу защиту к радиации. Но к настоящему моменту это можно сделать исключительно за счет методов генетического редактирования. С учетом нынешних законов в ближайшем будущем этого точно не случится», — комментирует Куниеда.

    Кроме того, ученый отмечает, что Dsup неидеален и способен снижать повреждения ДНК, вызываемые радиацией, примерно в половину, что, «конечно же, существенно, но все же только вполовину». По мнению Куниеды тихоходки используют и другие средства (помимо белка Dsup), чтобы защитить себя от радиации.

    Несмотря на большую значимость белка Dsup, Куниеда считает, что способности сверхзащиты тихоходок скрываются и в других особенностях их строения и генетики, которые все еще только предстоит открыть.

    «Используя комбинаторный набор этих генов, мы могли бы повысить уровни выживаемости и у других животных», — говорит ученый.

    «Особый интерес связан с поиском возможности передачи стойкости к дегидрации. Потому что в этом случае это, например, позволит нам найти более эффективные методы хранения самых разных биологических материалов, включая нашу еду: зерновые культуры, мясо, рыбу и так далее».

    По мнению ученого, перед тем как мы сможем полностью понять особенность генома тихоходок, потребуется провести еще далеко не одно исследование.

    Метки: Биология, Генетика, Животные, Загадки природы.

    Метки:   Комментарии (0)КомментироватьВ цитатник или сообщество

    Следующие 30  »

    <геном - Самое интересное в блогах

    Страницы: [1] 2 3 ..
    .. 10

    LiveInternet.Ru Ссылки: на главную|почта|знакомства|одноклассники|фото|открытки|тесты|чат
    О проекте: помощь|контакты|разместить рекламу|версия для pda