Эта разновидность кварца получила название от латинского слова citrinus («лимонный») из-за жёлтого цвета, иногда действительно напоминающего цвет лимона. Оттенки цитрина — серовато-, лимонно-, винно-жёлтый и золотистый — обусловлены или дефектами структуры, или тем, что в кристаллическую структуру кварца входят ионы железа. Дефекты возникают при замене иона кремния на ион алюминия в паре с ионом щелочного металла (как у дымчатого кварца). Поэтому с помощью прокаливания при температуре 300— 500 °С низкосортные аметисты, морион и дымчатый кварц превращаются в замечательные по красоте цитрины. Такие «сделанные» кристаллы часто обладают более ярким оттенком, чем натуральные.
В некоторых цитринах наблюдается очень интересный оптический эффект, который называют дождём или голубыми лучами. Под определённым углом в их кристаллах видны параллельные или пересекающиеся голубоватые лучи, похожие на освещённые солнцем дождевые струи. Эти лучи возникают из-за систем тончайших трещин или плоскостей, обогащённых газово-жидкими включениями.
В Бразилии и Уругвае встречаются разноцветные кристаллы кварца с зонами, или секторами, окрашенными попеременно то в лиловый цвет аметиста, то в золотистый — цитрина. Такую необычную разновидность назвали аметрином. Сейчас аметрин, как и другие цветные разновидности кварца, научились синтезировать, и он довольно широко используется в ювелирном деле.